freebayes インストール 簡単な使い方

バイオインフォ道場、くまぞうです。

freebayesは、代表的なSNP検出ツールの1つです。ベイズ的アプローチでIndelを検出します。インストールと簡単な使い方についてまとめます。

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freebayes とは

こちらで公開されています。ツールの概要・インストール方法・簡単な使い方などを読むことができます。

freebayes インストール

こちらの手順に従ってインストールを行います。gitを使って、最新版をダウンロードして、make・make installを行います。mekeC・C++の開発ライブラリが必要なので、build-essentialパッケージをインストールしました。make作業に、いくつか必要なヘッダーファイルがあったので、エラーが発生した場合は対応するdevパッケージをインストールして下さい。

make準備

sudo apt install build-essential

freebayes 取得 & make 作業

git clone --recursive git://github.com/ekg/freebayes.git
cd freebayes
make
sudo make install

make エラーが発生した場合

# fatal error: zlib.h
sudo apt install zlib1g-dev    

# fatal error: bzlib.h
sudo apt install libbz2-dev   

# fatal error: lzma.h
sudo apt install lzma-dev

freebayes 使い方

freebayesを使う場合、リファレンスとなるfastaファイルと、アライメント情報を格納したソート済みbamファイルを指定します。

freebayes -f ref.fa aln.sorted.bam > var.vcf

参考 freebayes 並列化

freebayesの並列化を行う場合、よくあるオプション(-X 8)などの使い方とは異なるようです。freebayes/scripts内のfreebayes-parallelfasta_generate_regions.pyを組み合わせて使うようです。freebayes/test/内のデータを使って動作させてみました。

準備

sudo apt install parallel
sudo apt install python-minimal
cd ~/freebayes/vcflib # freebayesのダウンロードフォルダのサブフォルダ
make # vcflibのmake
PATH="${PATH}:~/freebayes/vcflib/bin" # vcflibのパスを通す
export PATH

freebayes 並列化

注意。freebayes-parallel後の<(は空白を入れない。

cd ~/freebayes/scripts
./freebayes-parallel <(./fasta_generate_regions.py ~/freebayes/test/tiny/hla.fa.fai 100000) 4 -f ~/freebayes/test/tiny/hla.fa ~/freebayes/test/tiny/NA12878.chr22.tiny.hla.bam > ~/var.vcf
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