SRA_Toolkit 使い方 データ保存フォルダの変更

バイオインフォ道場、くまぞうです。

SRA Toolkiltのprefetchでデータをダウンロードする際の保存フォルダは変更可能です。vdb-configを使って設定します。

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関連記事 SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換

SRA_toolkit デフォルトフォルダ変更

デフォルトフォルダ

prefetchで公開データをダウンロードした際の、データ保存用フォルダは~/ncbi/public/sra/です。

デフォルトフォルダ変更

SRA Toolkitのvdb-configを起動すると、画面が以下のような表示に変わります。画面中央付近の[Change]に表示されている場所が、prefetchでデータが保存されるフォルダです。フォルダを変更したい場合は、この部分にデータ保存用のフォルダを設定します。カーソルは、画面左上の赤いです。Tabキーで、項目に移動します。リターンでメニューに入ります。

$ vdb-config -i

select directoryの画面でフォルダの移動・選択・作成が行えます。設定完了でOKにTab移動します。

元の画面に戻り、[Change]の設定変更を確認したら、画面右上の[ Save (6) ]の後、[ Exit (7) ]で設定完了です。

データ保存用のフォルダ設定が完了すると、そのフォルダの直下に、sraフォルダ等が作成されます。以降、prefetchを実行すると、変更後のデータ保存用フォルダにデータがダウンロードされます。

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