macs2 install & 使い方
目次
macs2
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MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。
色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、
バージョンの違いやインストール方法の好みによって、バラバラです。
もっとも簡単だと思われる方法をまとめました。
前提条件 – Prerequisites
インストールの際、以下の環境が必要になります。
・Python version must be equal to 2.7 to run MACS. （推奨バージョン：version 2.7.9.）
・Numpy (>=1.6)
・Cython (>=0.18)
macs2 install
Ubuntu Server 18.04 LTS でインストールを確認しました。
update & upgrade
sudo apt update sudo apt upgrade
Python 2.7.15
sudo apt install python
Python pip
sudo apt install python-pip
numpy
pip install numpy --user #Successfully installed numpy-1.16.5
cython
pip install cython --user #Successfully installed cython-0.29.13
MACS2
pip install MACS2 --user # Successfully installed MACS2-2.1.2 numpy-1.16.5
pathの調整
$ export PATH=~/.local/bin/:$PATH
MACS2 使い方
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MACS2 でピークコールを行います。ターゲットとなる処理群の BAM ファイルと、コントロールの BAM ファイルを引数で指定します。
他に、ファイル形式やゲノムサイズ、識別名を指定します。オプションで、ピークコールの際のしきい値を指定することができます。
MACS2 使い方 callpeak
$ macs2 callpeak -t target.bam -c control.bam -f BAM -g hs -n name --outdir outdir_name 2> log.txt
$ macs2 callpeak -t target1.bam target2.bam target3.bam -c control1.bam control2.bam control3.bam -f BAM -g hs -n name --outdir outdir_name 2> log.txt
MACS2 使い方 callpeak よく使うオプション
・-t：ターゲットの bam ファイル
・-c：コントロールの bam ファイル
・-f：入力ファイルの形式
・-g：ゲノムサイズを指定（生物名で指定する場合、ヒトゲノムは hs, マウスゲノム mm など）
・-n：任意の識別子（解析の名前）
・-q, -p：q-value や p-value の閾値。（但し、両方同時には指定できない。）
README for MACS (2.1.2) & MACS2 Usage
