- Home
- htseq-count, 解析ツール
- htseq-count 使い方 よく使うオプション
htseq-count 使い方 よく使うオプション
バイオインフォ道場、くまぞうです。
htseq-countは、RNA-Seq解析などでゲノムに張りついたリードの数を数えるツールです。よく使うオプションをまとめます。
関連記事 HTSeq htseq-count 使い方 インストール v0.7.2
htseq-count 使い方
基本的な使い方
htseq-count
を使うには、マッピング結果(SAM・BAM)とアノテーションファイル(GTF)が必要です。特に、pair-endの場合はソート済みのマッピング結果が必要です。samtools
で事前にソートしておきましょう。
htseq-count [options] alignment_file gtf_file
オプションはデフォルトでも動作しますが、指定内容によって結果が大きく変わる場合があるので注意しましょう。特に、-s, --stranded
オプションは解析内容にあったものを指定しましょう。
htseq-count 使い方 よく使うオプション
機能 | 説明 |
---|---|
-f, –format | アライメントファイルがbam形式の場合に指定。デフォルトはsam形式。 |
-r, –order | アライメントファイルが位置順の場合に指定。デフォルトはname順。 |
-s, –stranded | strand-specificでなければ、noを指定。デフォルトはstrand-specific。 |
-m, –mode | リードの数え方(複数の遺伝子に掛かった場合などどう数えるか?)を調整したい場合に指定。デフォルトはunion。(mode・オプション 詳細) |
htseq-count 使用例(paire-end・bamファイルで、non-strand-specificの場合)
# マッピング結果のソート samtools sort -@ 8 accepted_hits.bam -o accepted_hits.sort.bam # htseq-countでカウント(mode デフォルト) htseq-count -f bam -r pos -s no accepted_hits.sort.bam ref.gtf > gene_cnt.txt