htseq-count 使い方よく使うオプション

バイオインフォ道場、くまぞうです。

htseq-countは、RNA-Seq解析などでゲノムに張りついたリードの数を数えるツールです。よく使うオプションをまとめます。

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htseq-count 使い方

基本的な使い方

htseq-countを使うには、マッピング結果（SAM・BAM）とアノテーションファイル（GTF）が必要です。特に、pair-endの場合はソート済みのマッピング結果が必要です。samtoolsで事前にソートしておきましょう。

htseq-count [options] alignment_file gtf_file

オプションはデフォルトでも動作しますが、指定内容によって結果が大きく変わる場合があるので注意しましょう。特に、-s, --strandedオプションは解析内容にあったものを指定しましょう。

htseq-count 使い方よく使うオプション

機能	説明
-f, –format	アライメントファイルがbam形式の場合に指定。デフォルトはsam形式。
-r, –order	アライメントファイルが位置順の場合に指定。デフォルトはname順。
-s, –stranded	strand-specificでなければ、noを指定。デフォルトはstrand-specific。
-m, –mode	リードの数え方（複数の遺伝子に掛かった場合などどう数えるか？）を調整したい場合に指定。デフォルトはunion。（mode・オプション詳細）

htseq-count 使用例（paire-end・bamファイルで、non-strand-specificの場合）

# マッピング結果のソート
samtools sort -@ 8 accepted_hits.bam -o accepted_hits.sort.bam

# htseq-countでカウント(mode デフォルト)
htseq-count -f bam -r pos -s no accepted_hits.sort.bam ref.gtf > gene_cnt.txt

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