Fastq Fasta ファイル形式

バイオインフォ道場、くまぞうです。

Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。

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ファイル形式

Fastq形式

1本の配列は4行構成で記述されます。

  • 1行目:「@」で始まる配列のID。以降に、説明を記述する場合があります。
  • 2行目:塩基配列
  • 3行目:「+」
  • 4行目:2行目の配列に対応したクオリティ値。
@SEQ_123
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
+
!''*(((((((+))%%%++)(%...%%%).1***-+*''))**55CCF>>FFF>CCCCCC

Fasta形式

1つのシーケンスのデータは、ヘッダ行と2行目以降の塩基配列行で構成されます。

  • 1行目:”>” で始まる1行のヘッダ行(”>”の間にスペースを入れてはいけない)
  • 2行目以降:塩基配列(80文字未満とすることが推奨されている)
>gi|1234|gb|1234.1| ...
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
ATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGCATGC
>gi|2345|gb|1234.2| ...
...
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