塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –

バイオインフォ道場、くまぞうです。

Fastaファイルの整形についてまとめます。

スポンサーリンク



フォーマットを整える

FASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利なツールです。他の記事で「Fastq形式からFasta形式へ変換」を紹介しましたが、今回はFasta形式の整形について紹介します。fastx_toolkitのfasta_formatterを使うと、表示幅を指定して簡単に整形したり、タブ区切り表記に変換することが出来ます。

Fasta形式の表示幅を調整する

オプションに「-w 表示幅」を指定すると、塩基配列が指定長さで整形されます。また、デフォルトは「折り返し無し」で、1つのエントリーがヘッダー1行と塩基配列1行で整形されます。

$ cat input.fasta | fasta_formatter -w 20
>entry1
AAAATCTATAATAGTTGTAA
GTGCCATTT
>entry2
GGCGGGCGTCGTCCTAGTCG
AGACGTCCT
>entry3
GGATGGCACACGTCGTCCCC
GAAGTAGAA
...
$ cat input.fasta | fasta_formatter
>entry1
AAAATCTATAATAGTTGTAAGTGCCATTT
>entry2
GGCGGGCGTCGTCCTAGTCGAGACGTCCT
>entry3
GGATGGCACACGTCGTCCCCGAAGTAGAA
...

Fasta形式をタブ区切り(1行)で表示する

オプションに「-t」を指定するだけで、fasta形式のファイルをタブ区切形式に変換できます。1エントリー1行のデータになります。

$ cat input.fasta | fasta_formatter -t
ENTRY1	GTAAAGGCTTAATTTATAAAATGCCATTT
ENTRY2	TCGCAGACGCTCGGGCGGGGCGTCCTATT
ENTRY3	GGCCGAAGTAGAAAGGACGTCGTCATCCC
...
スポンサーリンク





ピックアップ記事

  1. awk for 繰り返し処理 簡単なサンプルでわかる インクリメント・デクリメント、変わった繰り返し

    awkのfor文は、カウンタを目印にして処理を繰り返したいときによく使われます。for文では、カウ…
  2. awk if サンプルでわかる条件文の書き方 一致・大小比較・正規表現を簡潔に書く方法

    awkのif条件文は、条件によって処理をわけたいときに使います。条件式では、0の判定・関係演算子・…
  3. awk split サンプルでわかる列の分割とセパレータ(文字・正規表現)の指定方法

    awkのsplit関数は、セパレータを指定して文字列を分割することができます。セパレータには文字や…

人気記事

  1. R データ型 - 文字列・ベクター・データフレーム・マトリックス など-, R言語, スクリプト

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  2. Excel, その他, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…
  3. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…

おすすめ記事

  1. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  2. awk, bash 文字列操作, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  3. bash 応用, シェルスクリプト

    シェル スクリプト ファイル存在チェック・空のファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…