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塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –

バイオインフォ道場、くまぞうです。

Fastaファイルの整形についてまとめます。

フォーマットを整える

FASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利なツールです。他の記事で「Fastq形式からFasta形式へ変換」を紹介しましたが、今回はFasta形式の整形について紹介します。fastx_toolkitのfasta_formatterを使うと、表示幅を指定して簡単に整形したり、タブ区切り表記に変換することが出来ます。

Fasta形式の表示幅を調整する

オプションに「-w 表示幅」を指定すると、塩基配列が指定長さで整形されます。また、デフォルトは「折り返し無し」で、１つのエントリーがヘッダー１行と塩基配列１行で整形されます。

$ cat input.fasta | fasta_formatter -w 20
>entry1
AAAATCTATAATAGTTGTAA
GTGCCATTT
>entry2
GGCGGGCGTCGTCCTAGTCG
AGACGTCCT
>entry3
GGATGGCACACGTCGTCCCC
GAAGTAGAA
...

$ cat input.fasta | fasta_formatter
>entry1
AAAATCTATAATAGTTGTAAGTGCCATTT
>entry2
GGCGGGCGTCGTCCTAGTCGAGACGTCCT
>entry3
GGATGGCACACGTCGTCCCCGAAGTAGAA
...

Fasta形式をタブ区切り（１行）で表示する

オプションに「-t」を指定するだけで、fasta形式のファイルをタブ区切形式に変換できます。１エントリー１行のデータになります。

$ cat input.fasta | fasta_formatter -t
ENTRY1	GTAAAGGCTTAATTTATAAAATGCCATTT
ENTRY2	TCGCAGACGCTCGGGCGGGGCGTCCTATT
ENTRY3	GGCCGAAGTAGAAAGGACGTCGTCATCCC
...