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塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –
バイオインフォ道場、くまぞうです。
Fastaファイルの整形についてまとめます。
目次
フォーマットを整える
FASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利なツールです。他の記事で「Fastq形式からFasta形式へ変換」を紹介しましたが、今回はFasta形式の整形について紹介します。fastx_toolkitのfasta_formatterを使うと、表示幅を指定して簡単に整形したり、タブ区切り表記に変換することが出来ます。
Fasta形式の表示幅を調整する
オプションに「-w 表示幅」を指定すると、塩基配列が指定長さで整形されます。また、デフォルトは「折り返し無し」で、1つのエントリーがヘッダー1行と塩基配列1行で整形されます。
$ cat input.fasta | fasta_formatter -w 20 >entry1 AAAATCTATAATAGTTGTAA GTGCCATTT >entry2 GGCGGGCGTCGTCCTAGTCG AGACGTCCT >entry3 GGATGGCACACGTCGTCCCC GAAGTAGAA ...
$ cat input.fasta | fasta_formatter >entry1 AAAATCTATAATAGTTGTAAGTGCCATTT >entry2 GGCGGGCGTCGTCCTAGTCGAGACGTCCT >entry3 GGATGGCACACGTCGTCCCCGAAGTAGAA ...
Fasta形式をタブ区切り(1行)で表示する
オプションに「-t」を指定するだけで、fasta形式のファイルをタブ区切形式に変換できます。1エントリー1行のデータになります。
$ cat input.fasta | fasta_formatter -t ENTRY1 GTAAAGGCTTAATTTATAAAATGCCATTT ENTRY2 TCGCAGACGCTCGGGCGGGGCGTCCTATT ENTRY3 GGCCGAAGTAGAAAGGACGTCGTCATCCC ...