STAR RNA-seq aligner 使い方 インストール・index・マッピング

バイオインフォ道場、くまぞうです。

STARは、RNA-Seq用のマッピングソフトです。非常に高速なマッピングが可能です。

スポンサーリンク



STARとは?

STAR インストール

ダウンロードした圧縮ファイルにプリコンパイル版が含まれているので、パスを通すなどして使用可能です。

# cd /usr/local
# wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz
# tar xzvf 2.5.3a.tar.gz
# ln -s /usr/local/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64_static/STAR /usr/local/bin/
# ln -s /usr/local/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64_static/STARlong /usr/local/bin/

STAR マニュアル

マニュアルはこちらから入手可能です。
https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf

STARの使い方

STAR index準備

リファレンスとなるゲノムファイルを準備します。他のマッピングソフト同様、マッピングに先立ってインデックスファイルを生成します。

$ mkdir genome-starIndex/
$ cp genome.fa genome-starIndex/
$ cd genome-starIndex/
$ STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 24 --genomeDir ./ --genomeFastaFiles genome.fa

STAR マッピング

マッピング結果は、SAM形式で出力されます。マッピング率などの情報は、*Log.final.outに記録されます。

同じ環境で、tophat2と比較してみると、10〜20倍程度早く処理が完了しました。

# paired-end
$ STAR --genomeDir genome-starIndex/ --runThreadN 24 --readFilesIn read_1.fastq read_2.fastq --outFileNamePrefix Output1Star
スポンサーリンク





カテゴリー

今週よく読まれている記事

  1. 学会・会議で英語が絶望的にできなくて困るケース | オンライン開催で「英語力のなさ」を痛感した場合の対処法

    学会・会議で英語ができなくてに困るケース学会やイベント・会議などが、オンラインで開催される…
  2. r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

    tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を…
  3. プログラミングで疲れた脳をリフレッシュ 〜 鬼滅の刃「感動」と「やる気アップ」でストレス発散!

    ストレス発散は鬼滅で。「50%OFF」で読む!脳のパフォーマンスを上げるには、適度な休憩と…
  4. AWS ディスク容量不足 新しいボリュームを追加する

    バイオインフォマティクスでは大きなファイルを扱うことがあるので、ディスク不足に陥ることがあります。…
  5. 「知っている」と「知らない」とでは、もしものとき、大違いになる – コロナうつ対策

    コロナうつなどという言葉を聞くようになりましたが、派遣切り、解雇、リストラは、これから本格化します…

人気記事

  1. R言語

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…
  2. Excel, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…
  3. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…

おすすめ記事

  1. awk, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  2. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  3. シェルスクリプト

    シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…