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STAR RNA-seq aligner 使い方 インストール・index・マッピング

バイオインフォ道場、くまぞうです。

STARは、RNA-Seq用のマッピングソフトです。非常に高速なマッピングが可能です。

STARとは？

STAR インストール

ダウンロードした圧縮ファイルにプリコンパイル版が含まれているので、パスを通すなどして使用可能です。

# cd /usr/local
# wget https://github.com/alexdobin/STAR/archive/2.5.3a.tar.gz
# tar xzvf 2.5.3a.tar.gz
# ln -s /usr/local/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64_static/STAR /usr/local/bin/
# ln -s /usr/local/STAR-2.5.3a/bin/Linux_x86_64_static/STARlong /usr/local/bin/

STAR マニュアル

マニュアルはこちらから入手可能です。
https://github.com/alexdobin/STAR/blob/master/doc/STARmanual.pdf

STARの使い方

STAR index準備

リファレンスとなるゲノムファイルを準備します。他のマッピングソフト同様、マッピングに先立ってインデックスファイルを生成します。

$ mkdir genome-starIndex/
$ cp genome.fa genome-starIndex/
$ cd genome-starIndex/
$ STAR --runMode genomeGenerate --runThreadN 24 --genomeDir ./ --genomeFastaFiles genome.fa

STAR マッピング

マッピング結果は、SAM形式で出力されます。マッピング率などの情報は、*Log.final.outに記録されます。

同じ環境で、tophat2と比較してみると、１０〜２０倍程度早く処理が完了しました。

# paired-end
$ STAR --genomeDir genome-starIndex/ --runThreadN 24 --readFilesIn read_1.fastq read_2.fastq --outFileNamePrefix Output1Star