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IGV 使い方 bowtieのマッピングデータをsamtoolsで変換してIGVに表示するまで

IGV 使い方 bowtieのマッピングデータをsamtoolsで変換してIGVに表示するまで

IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを１つずつ確認しながら説明します。

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bowtieでマッピング

bowtieでマッピングします。マッピング結果をSAM形式で取得します。

bowtie -S -p 4 ref_index -1 read1.fastq -2 read2.fastq mapping.sam

SAMtoolsでファイル変換

IGVのサイトによると、SAMよりもBAM形式の方がオススメと書いてあるので、SAMtoolsを使ってBAMファイルを準備します。また、IGVで読込むBAMファイルはソート・インデックスが必要なので、対応したBAMファイルを作成します。SAMtoolsは、BAMフォーマットのアライメント結果を操作するためのツール群です。

1. samtools viewでファイル変換

まずは、SAMtools viewで、SAM形式からBAM形式へのフォーマット変換を行います。

SAM -> BAM

samtools view -bS mapping.sam > mapping.bam

BAM -> SAM（ちなみに）

samtools view -h mapping.bam > mapping.sam

2. samtools sortでソート処理

BAMファイルのアライメントを左端の座標でソートして並べます。

samtools sort mapping.bam mapping.sort

3. samtools indexでindex付与

ソート済みのBAMファイルにインデックス付与します。コマンド実行後、mapping.sort.bam.baiファイルが作成されます。IGVでの読込みの際、名前がbamファイルと関連付けられている必要があるので、安易に名前を変更しないほうが良いです。

samtools index mapping.sort.bam

IGVでマッピング結果を表示する

ソート・インデックス対応したBAMファイルがあれば、IGVでのマッピング表示は簡単です。（操作の詳細についてまとめました。）

IGVを起動
リファレンス配列の読み込み
メニューの「Genomes」->「Load Genome from File…」で、Fastaファイルを指定します。
マッピング結果の読み込み（BAMファイル）
メニューの「File」->「Load from File…」で、ソート・インデックス対応したBAMファイルを指定します。尚、読み込みフォルダにbaiファイルを置いておきます。