IGV 使い方 bowtieのマッピングデータをsamtoolsで変換してIGVに表示するまで
IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを１つずつ確認しながら説明します。
スポンサーリンク
bowtieでマッピング
bowtieでマッピングします。マッピング結果をSAM形式で取得します。
bowtie -S -p 4 ref_index -1 read1.fastq -2 read2.fastq mapping.sam
SAMtoolsでファイル変換
IGVのサイトによると、SAMよりもBAM形式の方がオススメと書いてあるので、SAMtoolsを使ってBAMファイルを準備します。また、IGVで読込むBAMファイルはソート・インデックスが必要なので、対応したBAMファイルを作成します。SAMtoolsは、BAMフォーマットのアライメント結果を操作するためのツール群です。
1. samtools viewでファイル変換
まずは、SAMtools viewで、SAM形式からBAM形式へのフォーマット変換を行います。
- SAM -> BAM
samtools view -bS mapping.sam > mapping.bam
- BAM -> SAM（ちなみに）
samtools view -h mapping.bam > mapping.sam
2. samtools sortでソート処理
BAMファイルのアライメントを左端の座標でソートして並べます。
samtools sort mapping.bam mapping.sort
3. samtools indexでindex付与
ソート済みのBAMファイルにインデックス付与します。コマンド実行後、mapping.sort.bam.baiファイルが作成されます。IGVでの読込みの際、名前がbamファイルと関連付けられている必要があるので、安易に名前を変更しないほうが良いです。
samtools index mapping.sort.bam
IGVでマッピング結果を表示する
ソート・インデックス対応したBAMファイルがあれば、IGVでのマッピング表示は簡単です。（操作の詳細についてまとめました。）
- IGVを起動
- リファレンス配列の読み込み
メニューの「Genomes」->「Load Genome from File…」で、Fastaファイルを指定します。 - マッピング結果の読み込み（BAMファイル）
メニューの「File」->「Load from File…」で、ソート・インデックス対応したBAMファイルを指定します。尚、読み込みフォルダにbaiファイルを置いておきます。
スポンサーリンク
