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IGV 使い方インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう

IGV（Integrative Genomics Viewer）は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談IGVとはIGVは、米Broad Insti...

IGVメインコンテンツ解析ツール

samtoolsなどで予測されたVariantに、snpEffを使ってアノテーションをつけてみます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談snpEffsnpEffとは、予測されたVariantにアノテーションやその影響...

SnpEffメインコンテンツ解析ツール

samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談解析作業の流れマッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与主なツールCalling ...

samtoolsvcftoolsメインコンテンツ解析ツール

塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部（部分配列）を取り出します。開始・終了の...

samtoolsメインコンテンツ解析ツール

IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを１つずつ確認しながら説明します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談bo...

IGVメインコンテンツ解析ツール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールインストール情報に従い、ダ...

samtoolsメインコンテンツ解析ツール

今回は、Tophat2 v2.1.0 のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談準備Tophat2が内部で利用する解析ツールを事前にインストールします。bowtie2samt...

tophat2メインコンテンツ解析ツール