samtools

IGV

IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう

IGV(Integrative Genomics Viewer)は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 IGVとは IGVは...
SnpEff

SnpEff 使い方 アノテーション

samtoolsなどで予測されたVariantに、snpEffを使ってアノテーションをつけてみます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 snpEff snpEffとは、予測されたVariant...
samtools

samtools 使い方 mpileup ( calling SNPs ) & annotation

samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 解析作業の流れ マッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与...
samtools

samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列

塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。 今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部(部分配列)を取り出します。 ...
IGV

IGV 使い方 bowtieのマッピングデータをsamtoolsで変換してIGVに表示するまで

IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを1つずつ確認しながら説明します。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解...
samtools

samtools 使い方 インストール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。 手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール...
tophat2

tophat2 v2.1.0 – インストール

今回は、Tophat2 v2.1.0 のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 準備 Tophat2が内部で利用する解析ツールを事前にインストールしま...
タイトルとURLをコピーしました