Trinotate インストール | conda/biocondaを使って簡単インストール

trinotate install

trinotateは、trinityのアセンブル結果にアノテーションをつけるツールです。

Trinotate

便利なツールなのですが、インストールが必要なツールが多くて、面倒に感じることもあります。

  • Trinotate 本体
  • TransDecoder
  • SQLite
  • BLAST+
  • HMMER
  • signalP v4 (free academic download)
  • tmhmm v2 (free academic download)
  • RNAMMER (free academic download)

今回、conda/biocondaを使うことで、簡単にインストールすることができました(signalP v4・tmhmm v2・RNAMMERは、インストールなし)。

conda とは

condaとは、Anaconda・Minicondaに付属しているパッケージマネージメントシステム、環境管理システムです。

conda

Anaconda(機械学習/科学技術/数学/データ分析などに対応したライブラリや統合開発環境)に対して、Minicondaは最小構成です。

Minicondaをインストールして、conda(biocondaチャネルを追加)を使ってtrinotateをインストールします。

trinotate – conda・biocondaでインストール

Minicondaインストール済みの環境で、以下のコマンドで「Trinotate」をインストールします。

conda create -n trinotate python=3.7 -y
conda activate trinotate

conda install -c bioconda -y trinotate
conda install -c bioconda -y transdecoder