tophat2 使い方 エラーと対策

バイオインフォ道場、くまぞうです。

tophat2でマッピングしていたらエラー終了しました。一応解決したので報告します。

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Tophat2 マッピングで発生したエラー

tophat2のマッピングをバックグラウンドで実行したところエラー終了してしまいました。エラーメッセージは、以下のように表示されました。tophat2のoutputフォルダー内にalign_summary.txtも生成されていませんでした。

IndexError: string index out of range

エラーの原因

エラーの原因は、Trimmomaticでトリミングした後のファイルに異常があってtophat2が正常に動作できないことでした。現象として確認できたことは以下の2点です。

  • トリミング後のfastq.gzファイルの一番最後の行が不完全(+だけの行と品質行がない)
  • トリミング後のfastq.gzファイルが小さく、更にzcatでの確認するもgz形式異常で開けない。

幾つかのfastq.gzファイルを同じスクリプトでバッチ処理したのに、正常終了しているファイルもあったので、Trimmomaticの結果がフォーマット不正になった原因までは追求しませんでした。「バックグラウンド実行中の負荷が影響した」と判断しました。

Tophat2 エラーの解決策

Trimmomaticのトリミング作業(バッチ処理)を再度実行して、正常にトリミングが終了することを確認しました。その後のtophat2を使ったマッピング作業も正常に完了し、IndexErrorは発生しませんでした。

今回は、エラーが発生したtophat2に原因はなく、その前に原因があったという事例でした。NGSではツールやその出力ファイルも多くなりがちです。エラーメッセージのチェックや原因調査は大事ですね。

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