awk 区切り文字とフィールド

バイオインフォ道場、くまぞうです。

awkは、入力の各行を区切り文字でフィールドに分割して、それぞれを個別に取り出すことができます。

awk 区切り文字の変更

入力行をフィールドに分割するのは区切り文字です。デフォルトは、スペースやタブです。変更するときは、-Fオプションに続けて、区切り文字を指定します。システム変数FS（入力）やOFS（出力）を使って指定することもできます。この場合、入力時の区切り文字と、出力時の区切り文字を個別に指定できます。

また、区切り文字を複数指定する場合、FS=”[, :]”という書式で登録します。

# 区切りは:（コロン, -F指定）, 出力時の区切りはスペース（デフォルト）
$ echo "1:2:3" | awk -F: '{print $1,$3}'
1 3

# 区切りは:（コロン, FS指定）, 出力時の区切りは-（ハイフン, OFS指定）
$ echo "1:2:3" | awk '{print $1,$3}' FS=: OFS=-
1-3

awk 任意のフィールドを取り出す

区切り文字で分割されたフィールドは、個別に取り出すことができます。１番目のレコードは$1、２番目のレコードは$2、・・・と、個別に取り出すことができます。全体は、$0で表現されます。

# 区切りは:（コロン）, 出力時の区切りは-（ハイフン）
# １番目・３番目を出力。
$ echo "1:2:3" | awk '{print $1,$3}' FS=: OFS=-
1-3

# ２番目のみ出力。
$ echo "1:2:3" | awk '{print $2}' FS=: OFS=-
2

# 全体出力（区切り文字も入力のまま）。
$ echo "1:2:3" | awk '{print $0}' FS=: OFS=-
1:2:3

# ファイルに処理を適用
# 区切りは:（コロン）, 出力時の区切りは-（ハイフン）
# １番目・３番目を出力。
$ cat awk2.txt
1:2:3
4:5:6

$ awk '{print $1,$3}' FS=: OFS=- awk2.txt
1-3
4-6

$ cat awk2.txt | awk '{print $1,$3}' FS=: OFS=-
1-3
4-6