Trinity v2.2.0, v2.4.0 インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

Trinity v2.2.0のインストールに挑戦です。ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。

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インストール

make関連

  • 場所
    cd /usr/local
  • ダウンロード
    # v2.2.0
    wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/v2.2.0.tar.gz
    # v2.4.0
    wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz
    
  • 展開
    # v2.4.0も同様
    tar xzvf v2.2.0.tar.gz
  • make作業
    # 以降、v2.4.0も同様
    cd trinityrnaseq-2.2.0
    make
    make plugins

確認

インストール確認用のテストスクリプトが準備されているので、起動して正常終了を確認します。

cd sample_data/test_Trinity_Assembly/
./runMe.sh

問題発生時の解決例

Trinityのインストール作業で問題が発生することがあるので解決案をまとめました。

  • makeでエラー(curses.hに関して)
    エラーがでたら、ncurses関連のパッケージをインストールしましょう。

    apt-get install libncurses5-dev
  • 確認スクリプト(runMe.sh)でエラー
    Trinityはbowtieを利用します。エラーがでたら、bowtieをインストールしましょう。

    Error, cannot find path to bowtie () or bowtie-build ()
  • gccバージョン4.3以降が必要
    gccのバージョンを確認し、必要であればgcc・build-essential packageをインストールします。

    apt-get install build-essential
  • Java1.7以降が必要
    Javaのバージョンを確認し、必要であればJREなどをインストールします。

    apt-get install default-jre
  • pythonが必要
    最小版インストールでもOK

    apt-get install python-minimal
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