Trinity v2.2.0、v2.4.0のインストールに挑戦です。
ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。
インストール
make関連
- 場所
cd /usr/local
- ダウンロード
# v2.2.0 wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/v2.2.0.tar.gz # v2.4.0 wget https://github.com/trinityrnaseq/trinityrnaseq/archive/Trinity-v2.4.0.tar.gz
- 展開
# v2.4.0も同様 tar xzvf v2.2.0.tar.gz
- make作業
# 以降、v2.4.0も同様 cd trinityrnaseq-2.2.0 make make plugins
確認
インストール確認用のテストスクリプトが準備されているので、起動して正常終了を確認します。
cd sample_data/test_Trinity_Assembly/ ./runMe.sh
問題発生時の解決例
Trinityのインストール作業で問題が発生することがあるので解決案をまとめました。
- makeでエラー(curses.hに関して)
エラーがでたら、ncurses関連のパッケージをインストールしましょう。apt-get install libncurses5-dev
- 確認スクリプト(runMe.sh)でエラー
Trinityはbowtieを利用します。エラーがでたら、bowtieをインストールしましょう。Error, cannot find path to bowtie () or bowtie-build ()
- gccバージョン4.3以降が必要
gccのバージョンを確認し、必要であればgcc・build-essential packageをインストールします。apt-get install build-essential
- Java1.7以降が必要
Javaのバージョンを確認し、必要であればJREなどをインストールします。apt-get install default-jre
- pythonが必要
最小版インストールでもOKapt-get install python-minimal
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