bowtie2 v2.2.6 使い方 インストール

こんにちは、くまぞうです。

今回はbowtie2 v2.2.6のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。

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インストール

マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。

場所
# cd /usr/local
DL
# wget http://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.2.6/bowtie2-2.2.6-linux-x86_64.zip
展開
# unzip bowtie2-2.2.6-linux-x86_64.zip
Link
# ln -s /usr/local/bowtie2-2.2.6/bowtie2 /usr/local/bin/
# ln -s /usr/local/bowtie2-2.2.6/bowtie2-build /usr/local/bin/
# ln -s /usr/local/bowtie2-2.2.6/bowtie2-inspect /usr/local/bin/

インストール確認

bowtie2を呼び出して、使い方やオプションが表示されればインストール完了です。

$ bowtie2 -h
$ bowtie2-build -h
$ bowtie2-inspect -h
エラーが発生する場合
  • インストール作業に問題なかったのに、「インストールされていない」というエラーが発生する。
    “The program ‘application’ is currently not installed. You can install it by typing: sudo apt-get install application”
    このような場合は、パスが通っていません。パスを通しましょう。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。

参考情報

bowtie2 home
bowtie2 manual

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