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SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換

バイオインフォ道場、くまぞうです。

公開されているFastqデータを活用したい場合は、SRA_toolkitを使うと便利です。データのダウンロードやFastqへの展開がコマンド１つで簡単に実行できます。

SRA Toolkit とは？

SRA Toolkitは、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツールやライブラリを集めたものです。

[browser-shot url=”https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m=software&s=software” target=”_blank” width=”600″]

SRA Toolkit インストール

SRA Toolkit 本体のインストール

プリコンパイル版をダウンロード可能です。

$ cd
$ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
$ tar xzvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz
$ export PATH=${PATH}:~/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin

aspera connect インストール

asperaとは、FTP、HTTPなどTCPベースのレガシーな通信プロトコルに代わる次世代の高速ファイル転送ソフトウェアです。NCBIでも、SAR HandbookでAspera Connectについて紹介しています。

$ cd
http://downloads.asperasoft.com/connect2/ # browserでアクセス（Aspera Connect 3.7.2をダウンロード）
$ tar zxvf aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.tar.gz
$ ./aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh
$ cd ~/bin/
$ ln -s ~/.aspera/connect/bin/ascp ./

SRA Toolkit 使い方

公開データのダウンロード

SRA Toolkitのprefetchで公開データをダウンロードします。データのaccession IDを指定するだけで、SRAに接続して該当データをダウンロードすることができます。

$ prefetch SRR390728 #SRA accession ID

ヘルプ：prefetch

SRA Fastq 変換

ダウンロードしたデータはSRA形式です。SRA Toolkitのfastq-dumpでfastqファイルに変換します。

# file.sra -> file_1.fastq, file_2.fastqに変換（paired-end）
$ fastq-dump --split-files SRR390728.sra

ヘルプ：fastq-dump help