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SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換
バイオインフォ道場、くまぞうです。
公開されているFastqデータを活用したい場合は、SRA_toolkitを使うと便利です。データのダウンロードやFastqへの展開がコマンド1つで簡単に実行できます。
SRA Toolkit とは?
SRA Toolkitは、Sequence Read Archivesのデータを扱うためのツールやライブラリを集めたものです。
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SRA Toolkit インストール
SRA Toolkit 本体のインストール
プリコンパイル版をダウンロード可能です。
$ cd $ wget https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/2.8.2-1/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz $ tar xzvf sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64.tar.gz $ export PATH=${PATH}:~/sratoolkit.2.8.2-1-ubuntu64/bin
aspera connect インストール
asperaとは、FTP、HTTPなどTCPベースのレガシーな通信プロトコルに代わる次世代の高速ファイル転送ソフトウェアです。NCBIでも、SAR HandbookでAspera Connectについて紹介しています。
$ cd http://downloads.asperasoft.com/connect2/ # browserでアクセス(Aspera Connect 3.7.2をダウンロード) $ tar zxvf aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.tar.gz $ ./aspera-connect-3.7.2.141527-linux-64.sh $ cd ~/bin/ $ ln -s ~/.aspera/connect/bin/ascp ./
SRA Toolkit 使い方
公開データのダウンロード
SRA Toolkitのprefetch
で公開データをダウンロードします。データのaccession IDを指定するだけで、SRAに接続して該当データをダウンロードすることができます。
$ prefetch SRR390728 #SRA accession ID
SRA Fastq 変換
ダウンロードしたデータはSRA形式です。SRA Toolkitのfastq-dump
でfastqファイルに変換します。
# file.sra -> file_1.fastq, file_2.fastqに変換(paired-end) $ fastq-dump --split-files SRR390728.sra