FASTX_Toolkitのインストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。

FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。

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FASTX_Toolkit

FASTX_Toolkitとは

次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。

プリコンパイル版をインストール

プリコンパイル版が提供されています。環境に適したものをダウンロードしてインストールしましょう。

準備

Download pre-compiled binariesからダウンロードして解凍すると、「bin」フォルダが作成されます。その中にツールが入っています。必要に応じて「/usr/local/bin」などのパスの通ったところにコピーするなどして使うと良いです。

インストール

$ tar xjvf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2
$ ls bin/
$ sudo cp bin/* /usr/local/bin  #例として、/usr/local/binにコピー

コンパイル作業でインストール

インストールには、FASTX_Toolkit本体とユーティリティ・ツール毎に必要なものをインストールする必要があります。今回は、基本的なインストール作業を行うので、FASTX_Toolkit本体とユーティリティをインストールします。

準備

Downloadから、最新版をダウンロードします。今回は、「fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2」と「libgtextutils-0.7.tar.gz」をインストールします。

インストール

$ tar xzvf libgtextutils-0.7.tar.gz
$ cd libgtextutils-0.7/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ cd ..

$ tar xjvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2
$ cd fastx_toolkit-0.0.14/
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
$ cd ..

インストール確認

適当なfastqファイルやfastaファイルを準備して、簡単なフォーマット整形を試してみます。整形されたfastaファイルが表示されればインストール成功です。

$ cat input.fastq | fastq_to_fasta
$ cat input.fasta | fasta_formatter -w10

ツールによっては、別途ライブラリなどを必要とするものがあります。必要に応じて、ツールのディレクトリのREADMEやホームページなどで確認しましょう。

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