バイオインフォ道場、くまぞうです。
FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。
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FASTX_Toolkit
FASTX_Toolkitとは
次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。
プリコンパイル版をインストール
プリコンパイル版が提供されています。環境に適したものをダウンロードしてインストールしましょう。
準備
Download pre-compiled binariesからダウンロードして解凍すると、「bin」フォルダが作成されます。その中にツールが入っています。必要に応じて「/usr/local/bin」などのパスの通ったところにコピーするなどして使うと良いです。
インストール
$ tar xjvf fastx_toolkit_0.0.13_binaries_Linux_2.6_amd64.tar.bz2 $ ls bin/ $ sudo cp bin/* /usr/local/bin #例として、/usr/local/binにコピー
コンパイル作業でインストール
インストールには、FASTX_Toolkit本体とユーティリティ・ツール毎に必要なものをインストールする必要があります。今回は、基本的なインストール作業を行うので、FASTX_Toolkit本体とユーティリティをインストールします。
準備
Downloadから、最新版をダウンロードします。今回は、「fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2」と「libgtextutils-0.7.tar.gz」をインストールします。
インストール
$ tar xzvf libgtextutils-0.7.tar.gz $ cd libgtextutils-0.7/ $ ./configure $ make $ sudo make install $ cd .. $ tar xjvf fastx_toolkit-0.0.14.tar.bz2 $ cd fastx_toolkit-0.0.14/ $ ./configure $ make $ sudo make install $ cd ..
インストール確認
適当なfastqファイルやfastaファイルを準備して、簡単なフォーマット整形を試してみます。整形されたfastaファイルが表示されればインストール成功です。
$ cat input.fastq | fastq_to_fasta $ cat input.fasta | fasta_formatter -w10
ツールによっては、別途ライブラリなどを必要とするものがあります。必要に応じて、ツールのディレクトリのREADMEやホームページなどで確認しましょう。
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