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gffread を使った transcripts fasta 転写物の配列取得

ゲノム配列から転写物の配列を取得転写物（transcript）の配列を取得したい場合、染色体上の位置（開始位置〜終了位置）をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイルです。領域...

gffreadメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。Pythonでスクリプトを書く場合の、変数の使い方・簡単な演算を確認します。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});変数変数の使い...

Pythonメインコンテンツ

バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの１つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめます...

blastメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。とにかく...

FASTX-Toolkitシェルスクリプトメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});FASTX_ToolkitFASTX_T...

FASTX-Toolkitメインコンテンツ解析ツール

Fastaファイルの整形についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談フォーマットを整えるFASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利...

FASTX-Toolkitメインコンテンツ解析ツール

Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談ファイル形式Fastq形式1本の配列は4行構成で記述されます。１行目：「@」で始まる配列のID。以降に、説明を記述す...

メインコンテンツ解析ツール

Fastq・Fastaファイルともに、バイオインフォマティクスで良く使うファイル形式です。FastqからFastaへ変換についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談FastqからFasta形式への変換よく...

FASTX-Toolkitメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。配列は、複数の値を管理する入れ物のようなものです。データを順番に管理します。参照や編集・追加・削除などを行うことができます。繰り返し処理で発生したデータを順番に１つずつ保存したり、必要になったときに対応する...

Rubyメインコンテンツ

塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部（部分配列）を取り出します。開始・終了の...

samtoolsメインコンテンツ解析ツール