fasta

gffread

gffread を使った transcripts fasta 転写物の配列取得

ゲノム配列から転写物の配列を取得 転写物(transcript)の配列を取得したい場合、染色体上の位置(開始位置〜終了位置)をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイル...
Python

Python 変数と演算 スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。 Pythonでスクリプトを書く場合の、変数の使い方・簡単な演算を確認します。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({})...
blast

blast 使い方 エラーと解決 tblastx

バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの1つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめま...
FASTX-Toolkit

シェルスクリプト FASTAファイルの分割 fastx_toolkit, sed, コマンドの活用例

バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。 ...
FASTX-Toolkit

FASTX_Toolkitのインストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。 FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); ...
FASTX-Toolkit

塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –

Fastaファイルの整形についてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 フォーマットを整える FASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、...
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Fastq Fasta ファイル形式

Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 ファイル形式 Fastq形式 1本の配列は4行構成で記述されます。 1行目:「@...
FASTX-Toolkit

fastx_toolkit 使い方 FastqからFastaへ変換

Fastq・Fastaファイルともに、バイオインフォマティクスで良く使うファイル形式です。 FastqからFastaへ変換についてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 Fas...
Ruby

Ruby 配列 基本と応用 スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。 配列は、複数の値を管理する入れ物のようなものです。データを順番に管理します。参照や編集・追加・削除などを行うことができます。繰り返し処理で発生したデータを順番に1つずつ保存したり、必要になったときに...
samtools

samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列

塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。 今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部(部分配列)を取り出します。 ...
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