![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
R の subset関数は、データフレームやマトリックスから条件にマッチした部分集合を取り出します。条件指定の主なパラメータは、「subset」と「select」です。「subset」では行を抽出するための条件式、「select」では列を抽出する条件を指定します。
R subset関数 データフレームからの抽出
R の subset関数に、対象となるデータ (データフレーム) 、「subset」もしくは「select」で条件を指定することで、条件を満たすデータだけを取り出すことができます。
R> df <- data.frame(name=I(c("kumazou1", "kumazou2", "kumazou3")),
age=c(101, 102, 103),
color=c("red", "green", "yellow"))
R> df
name age color
1 kumazou1 101 red
2 kumazou2 102 green
3 kumazou3 103 yellow
# subset（行の条件）を指定
R> subset(df, age<103)
name age color
1 kumazou1 101 red
2 kumazou2 102 green
# select（列の条件）を指定
R> subset(df, select=c(name, color))
name color
1 kumazou1 red
2 kumazou2 green
3 kumazou3 yellow
# subsetとselectを組み合わせ
R> df.sub <- subset(df, subset=age<103, select=-2) R> df.sub
name color
1 kumazou1 red
2 kumazou2 green
R subset関数 データフレーム以外からの抽出
R の subset関数は、ベクターやmatrixでも条件を指定した抽出を行うことができます。
ベクターからの抽出
ベクターの場合は、インデックス形式で直接指定しても簡潔で分り易いです。
R> df.v <- letters R> df.v [1] "a" "b" "c" "d" "e" "f" "g" "h" "i" "j" ... [20] "t" "u" "v" "w" "x" "y" "z" # subset関数で指定する場合 > subset(df.v, df.v>"w") [1] "x" "y" "z" # 直接指定する場合 > df.v[df.v>"w"] [1] "x" "y" "z"
マトリックスからの抽出
> mt <- matrix(sample(12), 3, 4)
> mt
[,1] [,2] [,3] [,4]
[1,] 5 4 2 8
[2,] 1 12 10 7
[3,] 3 9 6 11
# subset関数で行と列の条件を指定する場合
> subset(mt, mt[,3]>=5, select=c(1,2,3))
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 12 10
[2,] 3 9 6
# 直接指定する場合
> mt[mt[,3]>=5, -4]
[,1] [,2] [,3]
[1,] 1 12 10
[2,] 3 9 6
関連記事
R 使い方 組込みデータセット iris データフレーム・ベクトル・リスト
R 使い方 for 繰り返し スクリプトの書き方
R 使い方 データ構造まとめ スクリプトの書き方
Ｒ 使い方 データ 読込み テキスト,csv,エクセル,データベース スクリプトの書き方
実験データの解析や論文用グラフ作成のヒントになりそうな、プログラミング・統計処理の参考になる書籍をまとめて紹介しています。是非、参考にしてみて下さいね。
論文・データ解析の支援
個別に直接相談できるのが良いと、たくさんの方にご利用頂いています。
関連記事１
R plotのPDFやPNGへの保存 - PDFなら複数の画像保存も可能
Rのplot (グラフ) は、PDFやPNGファイルとして保存することができます。操作は、通常のグラフの描画と同じです。違うところは、前もって保存先のデバイスをオープンし、描画終了後に明示的にクローズするだけです。PDFなら１つの...
bioinfo-dojo.net
2017.04.17
R 使い方 組込みデータセット iris データフレーム・ベクトル・リスト
Rのデータ型について学びます。使うデータは、組込みデータセットの「iris」です。irisの構造を眺めたり要約統計量を求めることで、データフレーム・ベクトル型・リスト型について簡単に学びます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞...
bioinfo-dojo.net
2016.01.19
ratio 1.5倍は、logFCで何？
bioinfomatics では、ratio や logFC を変動の閾値としてよく使います。ratio 2倍・4倍なら、対数表現も１・２と簡単にわかりますが、1.5倍などを閾値とした場合は、対数で何になるか覚えておくのは大変です...
bioinfo-dojo.net
2020.06.28
R 知っていると便利！パッケージ読込みとヘルプ
Rのインストール済みのパッケージについて調べます。スクリプトがちゃんと動かないとき、「何がインストールされているか？」また、「何がインストールされていないか？」がヒントになるときがあります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞...
bioinfo-dojo.net
2016.01.25
R 関数 maxの位置・minの位置を求める
Rで、最大値や最小値を求めるのは簡単ですが、「最大値・最小値の位置は？」という問題を考えてみたいと思います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談最大値・最小値を求める最大値・最小値を求めるの...
bioinfo-dojo.net
2017.08.31
R 使い方 集計に便利な関数 aggregate
データフレームを使って集計を行う場合に、使いやすい関数があります。aggregate関数です。データフレームの計算にはapply系の関数がよく使われますが、わかりづらいという方にはオススメの方法です。とにかく早く問題解決したい人は...
bioinfo-dojo.net
2017.08.15
R 使い方 データフレーム 累積和を求める
データフレームやmatrixで累積和を求める機会ありませんか？「前の行の値」に「現在の行の値」を繰り返し足していくことで求められますが、せっかく「R」を使っているのに、for文やインデックスを使って求めるのも残念な感じがします。そんなとき...
bioinfo-dojo.net
2017.08.09
関連記事２
R 4.0 インストール ubuntu
Rのインストール手順について。最近よくつかう「tidyverse」も一緒にインストールします。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談R 4.0 インストール手順事前設定$ su...
bioinfo-dojo.net
2021.03.31
R 使い方 debug（デバッグ）方法 スクリプトの書き方
スクリプトが思ったように動かない、そんなときはバグ（プログラムの間違い）があると言われます。スクリプトを書く場合、そのような間違いを書かないように注意することは当然ですが、完全に防ぐのは難しいことです。スクリプトが思うように動かな...
bioinfo-dojo.net
2017.04.21
R 使い方 文字列処理（文字列検索・文字列置換）
統計ソフトＲは、統計処理やグラフの描画でよく用いられます。しかし、色々なことに活用していると、「文字列処理ができると便利だな」と思うことがあります。統計ソフトＲには、文字列処理のための便利な関数が準備されているので、代表的な関数についてま...
bioinfo-dojo.net
2017.08.29
R 使い方 while 繰り返し スクリプトの書き方
Rで「条件を満たす間ずっと繰り返し」を行う場合は、whileを使います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談while スクリプトの書き方while文は、条件式と一緒に書きます。条件を満たす...
bioinfo-dojo.net
2017.05.11
R 使い方 for 繰り返し スクリプトの書き方
Rで単純な繰り返し制御を行う場合は、forを使います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談for スクリプトの書き方forは繰り返し制御の基本的な構造です。集合には、ベクターやデータフレーム...
bioinfo-dojo.net
2017.04.22
R switch 使い方 スクリプトの書き方
R の switch文は、「複数の条件」とそれに「対応した処理」をまとめて記述できるので、if文よりも簡潔にかけます。R の switchの条件は、文字列で書かれたラベルで判断します。R の switch文の「書き方」と使い方を、サンプル...
bioinfo-dojo.net
2016.05.31
R 使い方 if 条件分岐 スクリプトの書き方
R の if文は、フロー制御で最も単純な条件分岐です。条件に「一致したかどうか」という判断で、次に実行するコマンドを変更したりするときに使います。Rのif文の「書き方」、ANDやORを使った複数条件の指定の仕方などを、サンプルを交...
bioinfo-dojo.net
2016.05.17
R 使い方 関数 スクリプトの書き方
Rの使い方として、プログラムの基本構成となる関数の作り方について。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談R 使い方 関数を利用したプログラムメッセージの表示や、メッセージの長さを取得する関数を...
bioinfo-dojo.net
2016.05.02
R 使い方 Hello World スクリプトの書き方
Rでプログラムを書きます。今回は、プログラムの基本「Hello World！」です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Hello World プログラムHello Worldプログラムは、...
bioinfo-dojo.net
2016.04.27
R 使い方 行列（マトリックス） スクリプトの書き方
Rのマトリックスは、他のプログラミング言語と同様、数値や文字などの１種類のデータを２次元配列として保持するデータ構造です。基本的な構造を理解すれば、Ｒはもっと使いやすいツールになります。マトリックスの使い方について。とにか...
bioinfo-dojo.net
2017.04.09
R 使い方 リスト スクリプトの書き方
Rのリストは、他のプログラミング言語と同様、各項目にたいして名前をつけたベクトルです。基本的な構造を理解すれば、Ｒはもっと使いやすいツールになります。リストの使い方について。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、デ...
bioinfo-dojo.net
2017.04.09
R 使い方 ベクトル スクリプトの書き方
Rのベクトルは、他のプログラミング言語と同様、数値や文字などの１種類のデータを順番に保持するデータ構造です。基本的な構造を理解すれば、Ｒはもっと使いやすいツールになります。Rのベクトルの使い方について。とにかく早く問題解決...
bioinfo-dojo.net
2017.04.09
R 使い方 データフレーム・ファクター スクリプトの書き方
Rのデータフレーム・ファクターは、他のプログラミング言語のデータ構造とは異なる独特な構造。でも、とてもよく使う構造で、必ず使いこなせるようになりましょう。基本的な構造を理解すれば、Ｒはもっと使いやすいツールになります。Rのデータフ...
bioinfo-dojo.net
2017.04.09
R 使い方 データ構造まとめ スクリプトの書き方
Rで使うデータ構造をまとめてみます。一気に眺めることで、それぞれの特徴を理解できるかもしれません。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Ｒのデータ構造ベクトルベクトルは、最も基本的な構...
bioinfo-dojo.net
2016.12.02
Ｒ 使い方 データ 読込み テキスト,csv,エクセル,データベース スクリプトの書き方
「統計ソフト R」にデータを読み込むのは簡単です。タブ区切りのデータやエクセル・DBなどからデータを取り込むことができます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Rにデータを読み込む「統計ソフ...
bioinfo-dojo.net
2016.11.30
