linux コマンド grep ファイル内の文字列検索

バイオインフォ道場、くまぞうです。

テキストファイル内の文字列を検索します。

構文

grep [オプション] 文字列パターン [ファイル…]

主なオプション

• -v
  指定した文字列パターンを含まない行の検索を行います。
• -n
  行番号を付与して表示します。
• -i
  大文字と小文字を区別せずに検索します。
• -r
  ディレクトリ以下ののファイルを再帰的に検索します。

実行例

• ファイル１：data/grep_data1.txt

  aaa bio
  bbb bioinfo
  ccc bioinformatics
  ddd calculate

• ファイル２：data/grep_data2.txt

  aaa tophat
  bbb cufflinks
  ccc FastQC
  ddd blast

• grep検索

  $ grep bioinfo grep_data1.txt
  bbb bioinfo
  ccc bioinformatics

• grep検索（行表示）

  $ grep -n bioinfo grep_data1.txt
  2:bbb bioinfo
  3:ccc bioinformatics

• grep検索（-v否定）

  $ grep -v bioinfo grep_data1.txt
  aaa bio
  ddd calculate

• grep検索（大文字・小文字の識別あり）

  $ grep Bio grep_data1.txt
  該当なし（結果表示なし）

• grep検索（大文字・小文字の識別なし）

  $ grep -i Bio grep_data1.txt
  aaa bio
  bbb bioinfo
  ccc bioinformatics

• grep検索（大文字・小文字の識別なし）

  $ grep -i Bio grep_data1.txt
  aaa bio
  bbb bioinfo
  ccc bioinformatics

• grep検索（dataフォルダ指定で再帰検索）

  $ grep -r bbb data/
  data/grep_data1.txt:bbb bioinfo
  data/grep_data2.txt:bbb cufflinks