AnnotationHub インストール

bioinformatics では「R」をよくつかいますが、パッケージのインストールなのでトラブルことがあります。

アノテーション作業で使う機会があるかもしれない、AnnotationHub インストールについて。

このまえ R 4.0 をインストールしたんだけど、AnnotationHubではバージョンが合わないってエラーになったよ。

最近は、R周辺のアップデートがどんどん進んでいる気がするね。

R のバージョンアップや、bioconductor のバージョンアップが必要だったりして、大変だよ。

エラーの内容をよく読んで、1つ1つ対応するしかないね。

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス

AnnotationHub インストール

R アップデート

既にインストールしてる「R」のアップデートが必要な場合があります(R version “4.1”が必要?)。

R 4.0 がインストール済みの場合は、パッケージの update で対応します。

$ sudo apt update
$ sudo apt install r-base

それよりも前のバージョンの場合は、R 4.0 のインストール方法を参考にしてください。

bioconductor アップデート

BiocManagerでAnnotationHub をインストールしようとしたら、以下のようなエラーでました。

Error: Bioconductor version '3.12' requires R version '4.0'; use
   BiocManager::install(version = '3.13') with R version 4.1; 

bioconductorをアップデートします。

R > BiocManager::install(version='3.13')

AnnotationHub インストール

BiocManagerでAnnotationHub をインストールします。

R > BiocManager::install("AnnotationHub") 

インストール後、ライブラリをロードして確認します。

R > library(AnnotationHub) 

参考図書など

ちょっと内容が古くなっているかもしれませんが・・・。

RとBioconductorを用いたバイオインフォマティクス



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