bioinfo-dojo

共有ライブラリのエラー対処法

バイオインフォ道場、くまぞうです。共有ライブラリのエラーが発生した場合の対応方法についてまとめます。"cannot open shared object file: No such file or directory"というエラーが表示され...

linuxに関することメインコンテンツ

SNP Callerには、通常、領域指定オプションがあります。しかし、既に算出されたVCFデータが領域外のデータを含む場合、領域を参照しながら整理し直すのは面倒な作業です。そんなとき、vcftoolsを使えば、計算した後からでも簡単に領域の...

vcftoolsメインコンテンツ解析ツール

freebayesは、代表的なSNP検出ツールの１つです。ベイズ的アプローチでIndelを検出します。インストールと簡単な使い方についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談freebayes とはこちらで...

freebayesメインコンテンツ

bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ・分割について、サンプルを交えながらまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談部分文字列文字列から部分文字列を取り出すときは、位置を指定した抽出方法か、...

awkシェルスクリプトメインコンテンツ

sedのファイル読込みコマンド（r）・ファイル書き込みのコマンド(w)が便利です。指定の位置に外部ファイルからデータを読み込んだり、パターンにマッチした部分を一括で複数のファイルに分割するなどの便利な処理を行うことができます。知っていれば、...

sedメインコンテンツ

Rで、最大値や最小値を求めるのは簡単ですが、「最大値・最小値の位置は？」という問題を考えてみたいと思います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談最大値・最小値を求める最大値・最小値を求めるのは簡単です。最大値を求める...

R言語メインコンテンツ

統計ソフトＲは、統計処理やグラフの描画でよく用いられます。しかし、色々なことに活用していると、「文字列処理ができると便利だな」と思うことがあります。統計ソフトＲには、文字列処理のための便利な関数が準備されているので、代表的な関数についてまと...

R言語メインコンテンツ

RColorBrewerは便利でよく使われるパッケージです。色々な色の組み合わせを簡単に使うことができます。しかし、複数のグラフを重ねたときに、透過度を簡単に設定できないのは使いにくく感じる場合があります。色の透過度を設定する方法を調べまし...

R言語グラフメインコンテンツ

Rでグラフを描いたとき、凡例が気になる場合がありませんか？工夫できるポイントを紹介します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談R グラフ凡例の細かい調整(legendオプション)グラフでよく使うヒストグラムを例にし...

R言語グラフメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。NGSツールで解析を行う際に、「まずはFastQC」という方も多いと思います。データがたくさんあっても、一括で処理してくれるので便利です。結果はフォルダ毎に生成され、全て同じフォルダ構造・同じファイル名で保...

awkシェルスクリプトメインコンテンツ