メインコンテンツ

シェルスクリプト引数の与え方とチェック方法

シェルスクリプトに引数を与える場合、引数が少ない場合はエラーにするなどの対策が必要です。一方、引数を１０個以上うけとる場合、受け取り側で引数をずらしながら１つずつ取得する必要があります。シェルスクリプトの引数をチェックする方法シェルスクリプ...

シェルスクリプトメインコンテンツ

blastn で完全一致の連続領域を探索する方法blastn オプション word_sizeblastnのパラメータ-word_sizeは、完全一致の初期長さを設定します。長さを指定すると、「完全一致が連続する場所」で「指定長さを満たす」部...

blastメインコンテンツ解析ツール

パイプと xargs を組み合わせるパイプの使い方複数のコマンドをつなぎあわせて順番に実行することを「パイプでつなぐ」と言います。コマンド同士をパイプ（|）でつなぎます。$ lsaaa.txt bbb.txt ccc.txt$ cat a...

シェルスクリプトメインコンテンツ

データ分析の基本である、分散標準偏差について、Rとエクセルで比較してみましょう。ExcelやRを使って、自分で計算するとより理解が深まると思います。データの散らばり分散標準偏差スポンサーリンク(adsbygoogle = window...

ExcelR言語メインコンテンツ統計

データ分析の基本である、ヒストグラムと度数分布表について、Rとエクセルで比較してみましょう。度数分布表とヒストグラムスポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});度数...

ExcelR言語グラフメインコンテンツ統計

bowtie2のアライメント情報（alignment summary）をファイル保存する方法について考えます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談bowtie2 アライメント情報と標準エラー出力Linuxのコマンド結...

bowtieメインコンテンツ

データフレームに NA は含まれるか？NAは欠損値で、データの観測ができない場合などを表します。データフレームを使った計算にはNAの除去が必要になる場合があります。NAを除去するのは簡単ですが、まずは「どのデータがNAか？」を確認する必要が...

R言語メインコンテンツ

RのNA(欠損値)の除去についてまとめます。欠損値 NA とはRでNAは欠損値で、データの観測ができない場合などを表します（ベクターやデータフレームにNAが入っていることがあります）。NAを含むデータを使った計算では計算結果もNAになる場合...

R言語メインコンテンツ

ゲノム配列から転写物の配列を取得転写物（transcript）の配列を取得したい場合、染色体上の位置（開始位置〜終了位置）をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイルです。領域...

gffreadメインコンテンツ解析ツール

sed で、スペース・タブ、空行に関する処理をまとめました。これらは、フィールドやレコードのセパレータとして使われるので、使いこなせるようになるとデータ解析の前処理が楽になります。スペース・タブ（空白文字）の処理複数のスペースを１つにする１...

sedメインコンテンツ