![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
bowtie bowtie v1.1.2 – インストール
今回はbowtie v1.1.2のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストール場所cd /usr/localダウンロードwget 展開unzip bowtie-1.1...
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bowtie blast blast 使い方 インストール blast+ v2.3.0
今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localダウンロード...
awk awk 使い方 フィールド取り出し スクリプトの書き方
awkで簡単なフィールドデータの取り出しを行います。awk は入力された行について、空白やタブで区切られたデータをフィールドと解釈します。$1・$2…を指定することで、各行のフィールドを取り出すことができます。尚、$0は入力行全体です。se...
linuxに関すること sqlite3 v3.11.0 – インストール
バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、SQLiteのインストールに挑戦です。SQLiteのサイトからソースコードをダウンロードして、ソースコンパイルでインストールします。ソースコードが２種類準備されています。configure スクリプ...
sed sed コマンド 単純な置換
sed で単純な文字列置換を行います。sed の置換コマンド「s」を使います。複数のコマンドを並べて、連続で置換処理を行うことができます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談sed の書き方（置換）sed 's/置換...
シェルスクリプト シェルスクリプト select メニューを作る スクリプトの書き方
select文を使うと、簡単にメニューを作成することができます。但し、Bシェルでは使えず bash を使います。リストでメニュー項目を準備します。select内の変数で、選ばれた項目や入力値を取得することができます。メニュープロンプトは、P...
シェルスクリプト シェルスクリプト case 条件分岐 スクリプトの書き方
シェルスクリプトのcase文は、ある条件に対していくつかの場合分けを行い、条件が一致したときに対応する処理を実行する処理です。変数には整数と文字列が使用できます。条件一致の判断は pattern を並べた順番に行われ、一致した最初の処理が実...
シェルスクリプト シェルスクリプト while 条件と繰り返し スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。while文は、ある条件が満たされる限り処理を繰り返す制御です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});while文 の書き方wh...
シェルスクリプト シェルスクリプト testコマンド 条件評価 スクリプトの書き方
testコマンド は、色々な状態を評価することができます。文字列比較・ファイル属性確認・整数の比較についてまとめました。文字列比較文字列 str1 と str2 を比較します。演算子条件str1 = str2str1 が str2 と一致す...
シェルスクリプト シェルスクリプト for 単純な繰り返し スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。for文は、一定回数もしくは条件で決められた集合要素に対して、繰り返し処理を行う制御構造です。リスト内の値が順番に１個ずつ変数に代入され、その１つ１つに対してdo〜doneまでの処理を実行します。尚、in ...