![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
awk awk 区切り文字とフィールド
awkは、入力の各行を区切り文字でフィールドに分割して、それぞれを個別に取り出すことができます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談awk 区切り文字の変更入力行をフィールドに分割するのは区切り文字です。デフォルトは...
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awk awk コマンドラインでの実行とスクリプトファイルでの実行
awkを実行する場合、コマンドラインで指定する方法と、スクリプトファイルを指定する方法があります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談awk コマンドラインで指定するpatternとactionは、シングルクォートで...
awk bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ・分割について、サンプルを交えながらまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談部分文字列文字列から部分文字列を取り出すときは、位置を指定した抽出方法か、...
awk FastQC 結果ファイルの取り出し 画像を１箇所に集める シェルスクリプト
バイオインフォ道場、くまぞうです。NGSツールで解析を行う際に、「まずはFastQC」という方も多いと思います。データがたくさんあっても、一括で処理してくれるので便利です。結果はフォルダ毎に生成され、全て同じフォルダ構造・同じファイル名で保...
awk IGV 使い方 遺伝子位置や好きな位置への移動
IGVはリードのマッピング状況を視覚的に確認できるツールです。ゲノムデータ（fastaファイル）とアライメントデータ（bamファイル、及びbaiファイル）を準備すれば簡単に表示できますが、更に遺伝子の位置情報を読み込むともっと使いやすくなり...
awk 正規表現 メタキャラクタ 検索・置換 後編
sed や awk、grep、その他のプログラム処理で文字列を扱うときに、よく用いられる「正規表現」についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談正規表現とは正規表現とは、文字列集合を特殊文字（メタキャラク...
awk 正規表現 メタキャラクタ 検索・置換 前編
sed や awk、grep、その他のプログラム処理で文字列を扱うときに、よく用いられる「正規表現」についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談正規表現とは正規表現とは、文字列集合を特殊文字（メタキャラク...
awk blast+ 使い方 best hitの算出 awkとoutfmt7
blastはよく使うツールの１つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを１個だけ取り出す」ことですが、実は「outfmt7」を使うと簡単に得ることができます！使用した...
awk awk 使い方 フィールド取り出し スクリプトの書き方
awkで簡単なフィールドデータの取り出しを行います。awk は入力された行について、空白やタブで区切られたデータをフィールドと解釈します。$1・$2…を指定することで、各行のフィールドを取り出すことができます。尚、$0は入力行全体です。se...