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samtools 使い方 mpileup ( calling SNPs ) & annotation

samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 解析作業の流れ マッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与...
2016.07.13
samtoolsvcftoolsメインコンテンツ解析ツール
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samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列

塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。 今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部（部分配列）を取り出します。 ...
2016.04.14
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samtools 使い方 インストール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。 手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。 とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 インストール...
2016.01.05
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