バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]

シェルスクリプト for 単純な繰り返しスクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。for文は、一定回数もしくは条件で決められた集合要素に対して、繰り返し処理を行う制御構造です。リスト内の値が順番に１個ずつ変数に代入され、その１つ１つに対してdo〜doneまでの処理を実行します。尚、in ...

シェルスクリプトメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。シェルプログラミングのフロー制御で最も単純なのが「if文」です。条件に「一致したかどうか」という判断に基づいて、実行するコマンドを変更したりするときに使います。スポンサーリンク(adsbygoogle = ...

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バイオインフォ道場、くまぞうです。パイプはコマンドの処理を左から右へつなぐので、パイプライン処理と言います。「｜」（パイプ：vertical line）の左側で実行したコマンドの結果を、「｜」の右側のコマンドの入力として処理します。スポンサ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。コンソールでコマンドを使うときに覚えておいたほうが便利なキー操作をまとめます。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); コントロー...

linuxに関することメインコンテンツ

シェルプログラミングをはじめましょう。使うシェルは「Bシェル」です。Bシェルは機能が少ないのですが、どんなUNIXシステムでも動作するという利点があります。ログインシェルはbashやzshを使っている人が多いと思いますが、これらはBシェルの...

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Rのインストール済みのパッケージについて調べます。スクリプトがちゃんと動かないとき、「何がインストールされているか？」また、「何がインストールされていないか？」がヒントになるときがあります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、デー...

R言語メインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、NCBI2Rパッケージのインストールに挑戦です。NCBI2Rパッケージは、NCBIから得られる情報を使ってSNPsや遺伝子にアノテーション情報を与えるパッケージです。CRANから提供されなくなってい...

メインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。ソート済みのファイルから重複しない行を抽出します。ソートしていないファイルでは「uniq」処理できません。「sort」実行後に「uniq」処理するのを習慣化した方が良いと思います。スポンサーリンク(adsb...

linuxに関することメインコンテンツ

Rのデータ型について学びます。使うデータは、組込みデータセットの「iris」です。irisの構造を眺めたり要約統計量を求めることで、データフレーム・ベクトル型・リスト型について簡単に学びます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、デ...

R言語メインコンテンツ統計

バイオインフォ道場、くまぞうです。テキストファイル内の文字列を検索します。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});構文grep 文字列パターン

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