バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]

書庫を作成を便利にする – 知っていると便利！特定のファイルを除外する３つの方法

バイオインフォ道場、くまぞうです。まずは書庫を作るたくさんのファイルや、たくさんのファイルが入ったフォルダは書庫にすると管理が楽な場合があります。特に、ネットワーク経由でファイルをやりとりする場合や、他人にファイルを渡したりする場合などに使...

linuxに関することメインコンテンツ

今回はbowtie v1.1.2のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストール場所cd /usr/localダウンロードwget 展開unzip bowtie-1.1...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localダウンロード...

blastメインコンテンツ解析ツール

awkで簡単なフィールドデータの取り出しを行います。awk は入力された行について、空白やタブで区切られたデータをフィールドと解釈します。$1・$2…を指定することで、各行のフィールドを取り出すことができます。尚、$0は入力行全体です。se...

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バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、SQLiteのインストールに挑戦です。SQLiteのサイトからソースコードをダウンロードして、ソースコンパイルでインストールします。ソースコードが２種類準備されています。configure スクリプ...

linuxに関することメインコンテンツ

sed で単純な文字列置換を行います。sed の置換コマンド「s」を使います。複数のコマンドを並べて、連続で置換処理を行うことができます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談sed の書き方（置換）sed 's/置換...

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select文を使うと、簡単にメニューを作成することができます。但し、Bシェルでは使えず bash を使います。リストでメニュー項目を準備します。select内の変数で、選ばれた項目や入力値を取得することができます。メニュープロンプトは、P...

シェルスクリプトメインコンテンツ

シェルスクリプトのcase文は、ある条件に対していくつかの場合分けを行い、条件が一致したときに対応する処理を実行する処理です。変数には整数と文字列が使用できます。条件一致の判断は pattern を並べた順番に行われ、一致した最初の処理が実...

シェルスクリプトメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。while文は、ある条件が満たされる限り処理を繰り返す制御です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});while文の書き方wh...

シェルスクリプトメインコンテンツ

testコマンドは、色々な状態を評価することができます。文字列比較・ファイル属性確認・整数の比較についてまとめました。文字列比較文字列 str1 と str2 を比較します。演算子条件str1 = str2str1 が str2 と一致す...

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