Trinity Trinity 使い方 RNA-seq de novo アセンブル
Trinityは、トランスクリプトーム解析で用いられる「de novo アセンブルツール」です。たくさんのメモリとマルチコアの環境を要求します。100万のペアエンドリードに対して1GB程度のメモリが推奨されています。とにかく早く問題解決した...
Trinity awk 正規表現 メタキャラクタ 検索・置換 後編
sed や awk、grep、その他のプログラム処理で文字列を扱うときに、よく用いられる「正規表現」についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談正規表現とは正規表現とは、文字列集合を特殊文字（メタキャラク...
awk 正規表現 メタキャラクタ 検索・置換 前編
sed や awk、grep、その他のプログラム処理で文字列を扱うときに、よく用いられる「正規表現」についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談正規表現とは正規表現とは、文字列集合を特殊文字（メタキャラク...
Trinity Trinity v2.2.0, v2.4.0 インストール
Trinity v2.2.0、v2.4.0のインストールに挑戦です。ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールmake関連場所cd /usr/l...
linuxに関すること Linuxでパスを通す PATH（パス）の通し方と注意点
バイオインフォマティクスで利用するツールは、自分でコンパイルが必要なものや環境を整える必要なものがあります。必要な設定の１つに「パスを通す」ことがあります。「PATH」を通すとツールの起動が楽になります。是非、設定や確認の仕方を覚えましょう...
Ruby Ruby ファイル処理 FASTA,FASTQ抽出 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。次世代シーケンサで用いるFASTAファイルやFASTQファイルは大きなサイズのファイルです。「head」を使えば簡単に見ることもできますが、ちょうどキリが良い分量を表示できるかはわかりません。Rubyを使っ...
awk blast+ 使い方 best hitの算出 awkとoutfmt7
blastはよく使うツールの１つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを１個だけ取り出す」ことですが、実は「outfmt7」を使うと簡単に得ることができます！使用した...
IGV IGV 使い方 bowtieのマッピングデータをsamtoolsで変換してIGVに表示するまで
IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを１つずつ確認しながら説明します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談bo...
bowtie bowtie 使い方 マッピングとオプション
bowtie は、代表的なマッピングソフトです。高速にマッピング処理を行うことが出来ます。ただし、ギャップは考慮しません。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Bowtie - 使い方まずは、インデックスファイルを作る...
R言語 R 使い方 グラフ重ねる・グラフ分割「上下・左右」 グラフの描き方
R で複数のグラフを描画する際、いろいろな描き方を知っていると役に立つことがあります。よく用いられる「重ねる」「画面を分割する」について、まとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談「R」で複数のグラフを描画する...