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awk FastQC 結果ファイルの取り出し 画像を１箇所に集める シェルスクリプト
バイオインフォ道場、くまぞうです。NGSツールで解析を行う際に、「まずはFastQC」という方も多いと思います。データがたくさんあっても、一括で処理してくれるので便利です。結果はフォルダ毎に生成され、全て同じフォルダ構造・同じファイル名で保...
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awk R言語 R 使い方 集計に便利な関数 aggregate
データフレームを使って集計を行う場合に、使いやすい関数があります。aggregate関数です。データフレームの計算にはapply系の関数がよく使われますが、わかりづらいという方にはオススメの方法です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞...
R言語 R 使い方 グラフの色 自作のカラーパレットとデフォルトのカラーパレット
グラフを描画する際、色の組み合わせを１つ１つ考えるのは面倒ですよね。Rには、あらかじめ色の組み合わせを用意したカラーパレットが準備されています。カラーパレットを使えば、洗練された色の組み合わせで綺麗なグラフを描くことができます。自分で色の組...
R言語 R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
R の subset関数は、データフレームやマトリックスから条件にマッチした部分集合を取り出します。条件指定の主なパラメータは、「subset」と「select」です。「subset」では行を抽出するための条件式、「select」では列を抽...
R言語 R 使い方 データフレーム 累積和を求める
データフレームやmatrixで累積和を求める機会ありませんか？「前の行の値」に「現在の行の値」を繰り返し足していくことで求められますが、せっかく「R」を使っているのに、for文やインデックスを使って求めるのも残念な感じがします。そんなときは...
Python Python class クラスとオブジェクト スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。人気のPythonで、クラスを使ったオブジェクト指向のプログラミングに挑戦してみましょう。他のプログラム言語を習得したり・活用するときにもきっと役に立つと思います。スポンサーリンク(adsbygoogle ...
Ruby ruby コマンドライン引数 optparseの利用 スクリプトの書き方
rubyでは、コマンドライン引数（外部から渡す引数）をARGV配列にインデックス指定することで簡単に取り出せます。しかし、数が多くなると意味がわかりにくくなったり、順番を間違えたりして不便に感じることがあります。そんなときは、optpars...
Python Python while ずっと繰り返し スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。while文を使うと、コードブロックを（特定の条件を満たす場合）ずっと実行することができます。while文による繰り返し処理while文の書き方while文は、「あるコマンドの入力があるまで」・「ある状態な...
Python Python タプル 使い方 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。タプルは、リストによく似た構造のデータです。複数のデータを管理するのに便利で、操作もリストに似ています。異なるのは、データの書き換えが出来ないという点です。タプルを使うための簡単な操作を確認します。インタラ...
Python Python set型 使い方 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。Pythonで重複を排除したデータを管理する場合は、set型を使うと便利です。Python2.3以前では、setsモジュールをimportして使います。スポンサーリンク(adsbygoogle = wind...