解析ツール

マッピング率が低いときの対応方法 – Trimmomatic 除去アダプターの登録方法

マッピング率が極端に低い場合は、使用しているシーケンサ特有のアダプター配列がリードに残っていないか確認するとうまくいくケースがあります。特に、ライブラリーサイズが小さくなった場合は、シーケンサ内部のソフトで特有の配列が除去しきれずに残るケー...

メインコンテンツ解析ツール

bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。とにかく...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

bowtieを--bestモードで実行したところ、メモリーに関するワーニング（警告）が大量に表示されました。エラーではないので処理は進んでいくのですが、「マッピング結果に影響を与えないか？」という点がとても気になりました。そこで、--chu...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

Miniconda install公式サイトから、最新版 Miniconda installer（各OS毎）のシェルファイルをダウンロードします。Miniconda$ wget $ bash Miniconda3-latest-Linux-...

bioconda

trinotateは、trinityのアセンブル結果にアノテーションをつけるツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談trinotate installTrinotate便利なツールなのですが、インストールが必...

Trinitybiocondatrinotateメインコンテンツ

Trinityを、一番「簡単に動かす方法」だと思います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Trinity in Docker 使い方アセンブルツール Trinity（de novo transcriptome as...

Trinityメインコンテンツ

Fastqファイル用の高速前処理ツールです。クオリティの評価（トリミング前後）やトリミング処理を行います。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談fastp とは？fastp : fastp 使い方簡単な使い方シングルエ...

FastQCfastpメインコンテンツ解析ツール

MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談macs2色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、バー...

MACS2メインコンテンツ解析ツール

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談HISAT2は、高速かつ正確に次世代シーケンシング（NGS）データをリファレンスゲノムにマッピ...

HISAT2メインコンテンツ解析ツール

HISAT2 インストールHISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。HISAT2HISAT2 インストール手順# ホー...

HISAT2解析ツール