解析ツール

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blast

blast 使い方 完全一致の連続領域を探索するには?

blastn で完全一致の連続領域を探索する方法 blastn オプション word_size blastnのパラメータ-word_sizeは、完全一致の初期長さを設定します。長さを指定すると、「完全一致が連続する場所」で「指定長さを満たす...
bowtie

bowtie2 使い方 アライメント情報(alignment summary)をファイルに保存する

bowtie2のアライメント情報(alignment summary)をファイル保存する方法について考えます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 bowtie2 アライメント情報と標準エラー出力 Linuxのコマ...
gffread

gffread を使った transcripts fasta 転写物の配列取得

ゲノム配列から転写物の配列を取得 転写物(transcript)の配列を取得したい場合、染色体上の位置(開始位置〜終了位置)をたよりに配列情報を抜き出します。位置情報を管理する方法としてよく使われるのがGFF3やGTF形式のファイルです。領...
vcftools

VCFtools 使い方 VCFファイルからの抽出(BEDファイル対応領域)

SNP Callerには、通常、領域指定オプションがあります。しかし、既に算出されたVCFデータが領域外のデータを含む場合、領域を参照しながら整理し直すのは面倒な作業です。そんなとき、vcftoolsを使えば、計算した後からでも簡単に領域の...
freebayes

freebayes インストール 簡単な使い方

freebayesは、代表的なSNP検出ツールの1つです。 ベイズ的アプローチでIndelを検出します。インストールと簡単な使い方についてまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 freebayes とは ...
FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit 使い方 インストール

FASTX-Toolkitは、次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。 トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。 インストール方法について手順を整理します。 とにか...
htseq-count

htseq-count 使い方 gene単位・transcript単位の数え方

RNA-Seq解析では、ゲノムに張りついたリードの数を数えます。 gene単位・transcript単位の数え方は、オプションで切り替えることができます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 htseq-count...
htseq-count

htseq-count 使い方 よく使うオプション

htseq-countは、RNA-Seq解析などでゲノムに張りついたリードの数を数えるツールです。 よく使うオプションをまとめます。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 htseq-count 使い方 基本的な使い...
htseq-count

HTSeq htseq-count 使い方 インストール v0.7.2

htseq-countは、RNA-Seq解析などでリードをゲノムにマッピングしたとき、どこにどのくらい張り付いたかをカウントするプログラムです。 HTSeqのインストールには、いくつか事前にインストールしておくべきものがあります。 とにかく...
tophat2

tophat2 使い方 エラーと対策

tophat2でマッピングしていたらエラー終了しました。一応解決したので報告します。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 Tophat2 マッピングで発生したエラー tophat2のマッピングをバックグラウンドで実...
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