解析ツール

SRA_Toolkit 使い方データ保存フォルダの変更

SRA Toolkiltのprefetchでデータをダウンロードする際の保存フォルダは変更可能です。vdb-configを使って設定します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 SRA_toolkit デフォルトフ...

SRA_Toolkitメインコンテンツ解析ツール

公開されているFastqデータを活用したい場合は、SRA_toolkitを使うと便利です。データのダウンロードやFastqへの展開がコマンド１つで簡単に実行できます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 SRA T...

SRA_Toolkitメインコンテンツ解析ツール

STARは、RNA-Seq用のマッピングソフトです。非常に高速なマッピングが可能です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 STARとは？ STAR インストールダウンロードした圧縮ファイルにプリコンパイル版が...

STARメインコンテンツ解析ツール

IGVはリードのマッピング状況を視覚的に確認できるツールです。ゲノムデータ（fastaファイル）とアライメントデータ（bamファイル、及びbaiファイル）を準備すれば簡単に表示できますが、更に遺伝子の位置情報を読み込むともっと使いやすくなり...

awkIGVメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスの解析を行う際、一番最初に行うのはリードの品質チェックです。代表的なツールはFastQCで結果を視覚的に確認できて非常に便利ですが、たくさんデータを使う場合はコマンドライン（command line）を活用して結果を...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの１つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめます...

blastメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。とにか...

FASTX-Toolkitシェルスクリプトメインコンテンツ

blastを実行するには、事前にデータベースを構築する必要があります。データベースの対象となるfastaファイルを準備し、makeblastdbコマンドを実行してデータベースを作ります。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ...

blastメインコンテンツ解析ツール

IGV（Integrative Genomics Viewer）は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 IGVとは IGVは、米Broad In...

IGVメインコンテンツ解析ツール

今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談 tophat2とは tophat2は、代表的なマッピングツールの１つです。RNA-Seqのデータをス...

tophat2メインコンテンツ解析ツール