SRA_Toolkit SRA_Toolkit 使い方 データ保存フォルダの変更 SRA Toolkiltのprefetchでデータをダウンロードする際の保存フォルダは変更可能です。vdb-configを使って設定します。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談SRA_toolkit デフォルトフォル... SRA_Toolkitメインコンテンツ解析ツール
SRA_Toolkit SRA Toolkit 使い方 公開データのダウンロードとsra fastq変換 公開されているFastqデータを活用したい場合は、SRA_toolkitを使うと便利です。データのダウンロードやFastqへの展開がコマンド1つで簡単に実行できます。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談SRA Too... SRA_Toolkitメインコンテンツ解析ツール
STAR STAR RNA-seq aligner 使い方 インストール・index・マッピング STARは、RNA-Seq用のマッピングソフトです。非常に高速なマッピングが可能です。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談STARとは?STAR インストールダウンロードした圧縮ファイルにプリコンパイル版が含まれてい... STARメインコンテンツ解析ツール
awk IGV 使い方 遺伝子位置や好きな位置への移動 IGVはリードのマッピング状況を視覚的に確認できるツールです。ゲノムデータ(fastaファイル)とアライメントデータ(bamファイル、及びbaiファイル)を準備すれば簡単に表示できますが、更に遺伝子の位置情報を読み込むともっと使いやすくなり... awkIGVメインコンテンツ解析ツール
FastQC FastQC 使い方 コマンドラインでテキスト形式の結果を活用する バイオインフォマティクスの解析を行う際、一番最初に行うのはリードの品質チェックです。代表的なツールはFastQCで結果を視覚的に確認できて非常に便利ですが、たくさんデータを使う場合はコマンドライン(command line)を活用して結果を... FastQCメインコンテンツ解析ツール
blast blast 使い方 エラーと解決 tblastx バイオインフォマティクスの解析では、様々なツールを使います。たまにはエラーに遭遇してしまい、解決するのに時間がかかったりします。BLASTは、大変使用頻度の高いツールの1つですが、見慣れないエラーに遭遇したので、エラーと対応方法をまとめます... blastメインコンテンツ解析ツール
FASTX-Toolkit シェルスクリプト FASTAファイルの分割 fastx_toolkit, sed, コマンドの活用例 バイオインフォマティクスでは、大きなファイルを扱う機会が多いです。小さなファイルに分割すれば、サーバーで分散処理して大幅な時間短縮を行うことが出来るかもしれません。いくつかのツールを組合せてFASTAファイルを小さく分割してみます。とにかく... FASTX-Toolkitシェルスクリプトメインコンテンツ
blast blast 使い方 makeblastdb blastを実行するには、事前にデータベースを構築する必要があります。データベースの対象となるfastaファイルを準備し、makeblastdbコマンドを実行してデータベースを作ります。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解... blastメインコンテンツ解析ツール
IGV IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう IGV(Integrative Genomics Viewer)は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談IGVとはIGVは、米Broad Insti... IGVメインコンテンツ解析ツール
tophat2 tophat2 使い方 RNA-Seq マッピング 今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談tophat2とはtophat2は、代表的なマッピングツールの1つです。RNA-Seqのデータをスプライ... tophat2メインコンテンツ解析ツール