![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
FastQC FastQC 使い方 Fastq リードの評価
バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスの解析を行うにあたって、次世代シーケンサから得られたリード情報の品質をチェックすることはとても大事なことです。代表的なツールFastQCの使い方をまとめます。とにかく早く問題解決した...
解析ツール
FastQC 
SnpEff SnpEff 使い方 アノテーション
samtoolsなどで予測されたVariantに、snpEffを使ってアノテーションをつけてみます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談snpEffsnpEffとは、予測されたVariantにアノテーションやその影響...
samtools samtools 使い方 mpileup ( calling SNPs ) & annotation
samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談解析作業の流れマッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与主なツールCalling ...
FASTX-Toolkit FASTX_Toolkitのインストール
バイオインフォ道場、くまぞうです。FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});FASTX_ToolkitFASTX_T...
FASTX-Toolkit 塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –
Fastaファイルの整形についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談フォーマットを整えるFASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利...
メインコンテンツ Fastq Fasta ファイル形式
Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談ファイル形式Fastq形式1本の配列は4行構成で記述されます。１行目：「@」で始まる配列のID。以降に、説明を記述す...
FASTX-Toolkit fastx_toolkit 使い方 FastqからFastaへ変換
Fastq・Fastaファイルともに、バイオインフォマティクスで良く使うファイル形式です。FastqからFastaへ変換についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談FastqからFasta形式への変換よく...
メインコンテンツ UCSCのゲノム配列ファイル .2bitファイルの展開
UCSCのゲノム配列ファイルは、.2bit形式で圧縮されているものがあります。「twoBitToFa」というツールを使って展開します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談.2bit形式について塩基を２ビットで表現して...
samtools samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列
塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部（部分配列）を取り出します。開始・終了の...
Trinity Trinity 使い方 RNA-seq de novo アセンブル
Trinityは、トランスクリプトーム解析で用いられる「de novo アセンブルツール」です。たくさんのメモリとマルチコアの環境を要求します。100万のペアエンドリードに対して1GB程度のメモリが推奨されています。とにかく早く問題解決した...