解析ツール

Trinity v2.2.0, v2.4.0 インストール

Trinity v2.2.0、v2.4.0のインストールに挑戦です。ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールmake関連場所cd /usr/l...

Trinityメインコンテンツ解析ツール

blastはよく使うツールの１つです。色んな機能があるし、オプションもたくさんあるので使いこなすのが大変です。よく苦労するのが「best hitを１個だけ取り出す」ことですが、実は「outfmt7」を使うと簡単に得ることができます！使用した...

awkblastメインコンテンツ解析ツール

IGVを使って、bowtieのマッピング結果表示してみます。samtoolsを使ったbamへの変換やsortなど、IGVの表示に必要なステップを１つずつ確認しながら説明します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談bo...

IGVメインコンテンツ解析ツール

bowtie は、代表的なマッピングソフトです。高速にマッピング処理を行うことが出来ます。ただし、ギャップは考慮しません。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Bowtie - 使い方まずは、インデックスファイルを作る...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

今回はbowtie v1.1.2のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストール場所cd /usr/localダウンロードwget 展開unzip bowtie-1.1...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localダウンロード...

blastメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、NCBI2Rパッケージのインストールに挑戦です。NCBI2Rパッケージは、NCBIから得られる情報を使ってSNPsや遺伝子にアノテーション情報を与えるパッケージです。CRANから提供されなくなってい...

メインコンテンツ解析ツール

Cufflinks v2.2.1をインストールします。プリコンパイル版です。インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localDL# wget \cufflinks-2.2.1.Linux...

Cufflinksメインコンテンツ解析ツール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すなど...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールインストール情報に従い、ダ...

samtoolsメインコンテンツ解析ツール