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linuxに関すること

linux tar 圧縮ファイルの解凍 コマンド

Linuxでは tar コマンドで圧縮ファイルの作成・展開を行います。標準的に使われる圧縮形式gzip形式(.gz)とbzip2形式(.bz2)の展開を行うことができます。Linux の tar コマンドは、書庫化や圧縮・解凍も出来ますが、...
linuxに関すること

linux コマンド apt-get パッケージ管理

バイオインフォ道場、biくまぞうです。 Linuxのパッケージを管理します。インストールや、アンインストール、最新情報への更新などを行うときに使います。Debian系のディストリビューション(Ubuntu・SteamOSなど)で使用可能です...
R言語

R v3.2.3 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル(make)でインストールしてみます。
R言語

R v3.0.2 – インストール

こんにちは、バイオインフォ道場 biくまぞうです。 今回はRのインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 環境 Ubuntu Server 14.04 LTS(AWS) インストール パッケージ管理 # sudo apt-get ins...
Cufflinks

Cufflinks v2.2.1 – インストール

Cufflinks v2.2.1をインストールします。プリコンパイル版です。 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 場所 # cd /usr/local DL # wget \ cufflinks-2.2....
FastQC

FastQC – インストール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すなど...
linuxに関すること

Java JRE(Java Runtime Environment) – インストール

Java Runtimeのインストールについてです。 Javaで書かれた解析ツール(FastQCなど)を使用する場合は、インストールが必要です。尚、FastQC v0.11.4では1.6以上が必要。
Ruby

Ruby 1.9 インストール スクリプトの書き方

こんにちは、biくまぞうです。 今回はRubyのインストールに挑戦です。 スポンサーリンク (adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({}); Ruby プログラム言語としてRubyを使用す...
samtools

samtools 使い方 インストール

SAM tools のインストールについて、バージョン毎にまとめました。 手順は同じ。指定バージョンを探すのが面倒なので、それぞれ整理しました。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール インストール情報に...
bowtie

bowtie2 v2.2.6 使い方 インストール

今回はbowtie2 v2.2.6のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 cd /usr/loc...
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