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シェルスクリプト

ファイル名を一括変更 Windowsエクスプローラーとシェルスクリプト

バイオインフォマティクスでは、データファイルが大量になることがあります。いつも頭を悩ませるのがデータの管理です。たまにファイル名を一括で変更したいときがありますが、便利な方法があるので紹介したいと思います。Windows エクスプローラーで...
Excel

Excelショートカットを覚えて 作業効率アップ

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスのデータはExcelと相性の良いものが多いです。Excelの操作にショートカットを使うとマウスの操作より速くて便利です。Excelのショートカットはたくさんあるので色々調べてみましょ...
linuxに関すること

パスワード自動生成 APG Linuxコマンドの使い方

バイオインフォ道場、くまぞうです。パスワードは「1つのサービスに1つのパスワード」で使い回しを避けるスポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});大きなデータを日常的に扱...
MACS2

macs2 install & 使い方

MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談macs2色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、バー...
HISAT2

hisat2 使い方 | index 作成

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談HISAT2は、高速かつ正確に次世代シーケンシング(NGS)データをリファレンスゲノムにマッピ...
シェルスクリプト

bash 配列の使い方|サンプルでわかる最低限の知識

bash 配列の使い方について、初期化・参照・削除のやり方〜配列を使った繰り返し処理まで、最低限の知識を短いサンプルで理解できます!bash の配列を理解すると、シェルスクリプトの応用の幅が広がります。bash 配列の使い方bash 配列の...
シェルスクリプト

シェルスクリプト bash 最新版の利用

シェルスクリプト bash 最新バージョンシェルスクリプト bash バージョン確認bashのバージョン確認を行います。現在、最新版はバージョン4.4(2017年1月)です。$ bash --versionbash --versionGNU...
シェルスクリプト

シェルスクリプト 変数 使い方

シェルスクリプト 変数シェルスクリプト 変数 名前のつけ方と定義シェルで変数を使うとき、最初に注意することです。名前には、アルファベット(大/小文字を区別)・数字・アンダースコアを使える。名前には、1文字目に数字は使えない。名前には、アルフ...
シェルスクリプト

シェルスクリプト 引数の与え方とチェック方法

シェルスクリプトに引数を与える場合、引数が少ない場合はエラーにするなどの対策が必要です。一方、引数を10個以上うけとる場合、受け取り側で引数をずらしながら1つずつ取得する必要があります。シェルスクリプトの引数をチェックする方法シェルスクリプ...
HISAT2

HISAT2 使い方 インストールとマッピング

HISAT2 インストールHISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。HISAT2HISAT2 インストール手順# ホー...
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