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ファイル名を一括変更 Windowsエクスプローラーとシェルスクリプト

バイオインフォマティクスでは、データファイルが大量になることがあります。いつも頭を悩ませるのがデータの管理です。たまにファイル名を一括で変更したいときがありますが、便利な方法があるので紹介したいと思います。Windows エクスプローラーで...

シェルスクリプトメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスのデータはExcelと相性の良いものが多いです。Excelの操作にショートカットを使うとマウスの操作より速くて便利です。Excelのショートカットはたくさんあるので色々調べてみましょ...

Excelメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。パスワードは「１つのサービスに１つのパスワード」で使い回しを避けるスポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});大きなデータを日常的に扱...

linuxに関することメインコンテンツ

MACS2、良く使われている ChIP-Seq 解析用の peak caller です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談macs2色々なサイトで、macs2 のインストール方法や使い方がまとめられていますが、バー...

MACS2メインコンテンツ解析ツール

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談HISAT2は、高速かつ正確に次世代シーケンシング（NGS）データをリファレンスゲノムにマッピ...

HISAT2メインコンテンツ解析ツール

bash 配列の使い方について、初期化・参照・削除のやり方〜配列を使った繰り返し処理まで、最低限の知識を短いサンプルで理解できます！bash の配列を理解すると、シェルスクリプトの応用の幅が広がります。bash 配列の使い方bash 配列の...

シェルスクリプトメインコンテンツ

シェルスクリプト bash 最新バージョンシェルスクリプト bash バージョン確認bashのバージョン確認を行います。現在、最新版はバージョン4.4（2017年1月）です。$ bash --versionbash --versionGNU...

シェルスクリプト

シェルスクリプト変数シェルスクリプト変数名前のつけ方と定義シェルで変数を使うとき、最初に注意することです。名前には、アルファベット（大／小文字を区別）・数字・アンダースコアを使える。名前には、１文字目に数字は使えない。名前には、アルフ...

シェルスクリプトメインコンテンツ

シェルスクリプトに引数を与える場合、引数が少ない場合はエラーにするなどの対策が必要です。一方、引数を１０個以上うけとる場合、受け取り側で引数をずらしながら１つずつ取得する必要があります。シェルスクリプトの引数をチェックする方法シェルスクリプ...

シェルスクリプトメインコンテンツ

HISAT2 インストールHISAT2のサイトにインストールが簡単なバイナリー版が準備してあるので、ダウンロードして使います。使用したのは、「Linux x86_64 binary」版です。HISAT2HISAT2 インストール手順# ホー...

HISAT2解析ツール