bioinfo-dojo

スクリプト言語 Ruby

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスではスクリプトを使う場面も多いと思います。いろんなプログラミング言語があって迷ってしまいますが、今回はRubyで楽しいプログラミングについて考えてみます。Rubyで楽しくプログラミン...

Rubyメインコンテンツ

Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動で調整してくれるので大変便利です。しかし、少しカスタマイズしようと思えば、色々なパラメータを調整する必要があります。より綺麗なグラフに仕上げるために、軸の目盛りの調整についてまとめます。とにかく早...

R言語グラフメインコンテンツ

IGV（Integrative Genomics Viewer）は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談IGVとはIGVは、米Broad Insti...

IGVメインコンテンツ解析ツール

複数のコマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもしれません。そんなちょっとしたテクニックでは、パイプ（|）...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。コマンドを実行したとき、画面とファイルの両方に出力したいときがあります。しかし通常は、画面出力するとファイルには保存されないし、ファイルにリダイレクトすると画面には表示されません。画面は結果確認として、ファ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。ディレクトリを削除するには、rmdirコマンドを使います。または、ファイル削除でも使うrmコマンドに-Rオプションをつけて削除します。rmdirは、空のディレクトリしか削除しないので、rmを良く使うかもしれ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。ファイルやディレクトリをコピーするには、cpコマンドを使います。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});コマンドの使い方基本的な使...

linuxに関することメインコンテンツ

今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談tophat2とはtophat2は、代表的なマッピングツールの１つです。RNA-Seqのデータをスプライ...

tophat2メインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスの解析を行うにあたって、次世代シーケンサから得られたリード情報の品質をチェックすることはとても大事なことです。代表的なツールFastQCの使い方をまとめます。とにかく早く問題解決した...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスでは比較的容量の大きいファイルを使用するので、ハードディスクの容量が足りなくなることもあります。慌てることが無いように、dfコマンドやduコマンドを使ってハードディスクの容量をこまめに確認しましょう。ディスクの使用状...

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