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Perl Perl Hello World! スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、プログラムの基本「Hello World！」です。perlでプログラムを書きます。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});...
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Perl C言語 C言語 コマンドライン引数 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。プログラミングの基礎、C言語の勉強です。今回は、コマンドライン引数を使います。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});コマンドライ...
C言語 Hello World! – C言語 –
バイオインフォ道場、くまぞうです。C言語でプログラムを書きます。今回は、プログラムの基本「Hello World！」です。Hello World プログラムHello Worldプログラムは、プログラムの勉強を開始するときに、一番最初に書か...
R言語 R 使い方 Hello World スクリプトの書き方
Rでプログラムを書きます。今回は、プログラムの基本「Hello World！」です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談Hello World プログラムHello Worldプログラムは、プログラムの勉強を開始する...
C言語 プログラム言語の基本 C言語を始める
バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、C言語の開発環境を整えます。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});C言語の開発環境Ubuntu（Linux）の場合パッケ...
R言語 R 統計 基本統計量の求め方
バイオインフォ道場、くまぞうです。統計では、データの特徴をあらわすデータの代表値を考えることが多いと思います。良く知っているものばかりですが、Rでの算出方法なども確認しながら整理します。まずは、まとめて要約summary関数を使うと、基本統...
メインコンテンツ UCSCのゲノム配列ファイル .2bitファイルの展開
UCSCのゲノム配列ファイルは、.2bit形式で圧縮されているものがあります。「twoBitToFa」というツールを使って展開します。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談.2bit形式について塩基を２ビットで表現して...
samtools samtools 使い方 faidx Fastaから部分配列
塩基配列の変異に注目したSNP解析や配列パターンに注目した解析などでは、部分配列を抜き出して詳しく調べる場合があります。今回は、開始位置-終了位置を指定してFASTAファイルから注目する塩基配列の一部（部分配列）を取り出します。開始・終了の...
linuxに関すること linux コマンド apt-get ・ dpkg パッケージ管理
バイオインフォ道場、くまぞうです。パッケージ管理についてまとめます。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});パッケージ管理UbuntuなどのDebian系システムで...
Trinity Trinity 使い方 RNA-seq de novo アセンブル
Trinityは、トランスクリプトーム解析で用いられる「de novo アセンブルツール」です。たくさんのメモリとマルチコアの環境を要求します。100万のペアエンドリードに対して1GB程度のメモリが推奨されています。とにかく早く問題解決した...