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linuxに関すること

linux コマンド which・whereis プログラムのパスを表示

初歩から資格取得まで(資料無料送付)バイオインフォ道場、くまぞうです。whichコマンドはプログラムのパスを表示します。whereisコマンドは、プログラムに関連したその他のファイルのパスも表示します。Linuxを使っていると、コマンドのパ...
C言語

C言語 配列 sort,search,再帰 スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。C言語で配列を使ってみましょう。配列は、複数の値を管理する入れ物のようなものです。他の言語でもよく使う機能ですが、C言語の場合は同じ型のデータを管理します。また、サイズや初期化に注意する必要があります。スポ...
C言語

C言語 while 繰り返し スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。while文は、条件を満たす間ずっとコードブロックを繰り返す場合に使います。例えば、「ファイルの末尾までチェックする」とか、「ある条件を満たすまで」というような回数不定の条件などで用いると便利です。スポンサ...
SnpEff

SnpEff 使い方 アノテーション

samtoolsなどで予測されたVariantに、snpEffを使ってアノテーションをつけてみます。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談snpEffsnpEffとは、予測されたVariantにアノテーションやその影響...
samtools

samtools 使い方 mpileup ( calling SNPs ) & annotation

samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談解析作業の流れマッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与主なツールCalling ...
FASTX-Toolkit

FASTX_Toolkitのインストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});FASTX_ToolkitFASTX_T...
FASTX-Toolkit

塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –

Fastaファイルの整形についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談フォーマットを整えるFASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利...
メインコンテンツ

Fastq Fasta ファイル形式

Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談ファイル形式Fastq形式1本の配列は4行構成で記述されます。1行目:「@」で始まる配列のID。以降に、説明を記述す...
FASTX-Toolkit

fastx_toolkit 使い方 FastqからFastaへ変換

Fastq・Fastaファイルともに、バイオインフォマティクスで良く使うファイル形式です。FastqからFastaへ変換についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談FastqからFasta形式への変換よく...
Ruby

Ruby hash ハッシュの基本と応用 スクリプトの書き方

バイオインフォ道場、くまぞうです。ハッシュは、複数の値を管理する入れ物のようなものです。データをキーとバリューで管理します。参照や編集・追加・削除などを行うことができます。繰り返し処理で発生したデータをキー(名前やIDなど)で1つずつ保存し...
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