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Ruby Ruby 変数とスコープ スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。データに名前をつけることで、変数としてプログラム中でデータを自由に扱うことができるようになります。変数には、いくつか種類があります。スコープと呼ばれる影響範囲や、クラスを用いた場合の違いがあります。スポンサ...
Ruby Ruby Ruby リテラルで数値や文字を直接扱う スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。プログラムで数値や文字を直接記述することは自然に行いますが、「リテラル」ということを覚えておくと、活用の幅が広がるかもしれません。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoo...
Ruby スクリプト言語 Ruby
バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスではスクリプトを使う場面も多いと思います。いろんなプログラミング言語があって迷ってしまいますが、今回はRubyで楽しいプログラミングについて考えてみます。Rubyで楽しくプログラミン...
R言語 R 使い方 軸と目盛りの調整まとめ グラフの描き方
Rでグラフを描画する場合、位置やサイズを自動で調整してくれるので大変便利です。しかし、少しカスタマイズしようと思えば、色々なパラメータを調整する必要があります。より綺麗なグラフに仕上げるために、軸の目盛りの調整についてまとめます。とにかく早...
IGV IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
IGV（Integrative Genomics Viewer）は、マッピングデータを視覚的に確認することができる大変便利なツールです。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談IGVとはIGVは、米Broad Insti...
linuxに関すること bash パイプ 複数コマンド 組み合わせ
複数のコマンドを連続で処理すると、解析作業が効率的に進むときがあります。コマンドの出力結果をソートしたり、さらに絞り込みを行ったりするだけで、分り易い結果になることは良くあることかもしれません。そんなちょっとしたテクニックでは、パイプ（|）...
linuxに関すること linux コマンド tee 画面とファイルの両方へ出力
バイオインフォ道場、くまぞうです。コマンドを実行したとき、画面とファイルの両方に出力したいときがあります。しかし通常は、画面出力するとファイルには保存されないし、ファイルにリダイレクトすると画面には表示されません。画面は結果確認として、ファ...
linuxに関すること linux コマンド rm・rmdir ディレクトリ削除
バイオインフォ道場、くまぞうです。ディレクトリを削除するには、rmdirコマンドを使います。または、ファイル削除でも使うrmコマンドに-Rオプションをつけて削除します。rmdirは、空のディレクトリしか削除しないので、rmを良く使うかもしれ...
linuxに関すること linux コマンド cp ファイルコピー
バイオインフォ道場、くまぞうです。ファイルやディレクトリをコピーするには、cpコマンドを使います。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});コマンドの使い方基本的な使...
tophat2 tophat2 使い方 RNA-Seq マッピング
今回は、tophat2を使って、RNA-seqデータのマッピングに挑戦です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談tophat2とはtophat2は、代表的なマッピングツールの１つです。RNA-Seqのデータをスプライ...