バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]

FastQC 使い方 Fastq リードの評価

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスの解析を行うにあたって、次世代シーケンサから得られたリード情報の品質をチェックすることはとても大事なことです。代表的なツールFastQCの使い方をまとめます。とにかく早く問題解決した...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォマティクスでは比較的容量の大きいファイルを使用するので、ハードディスクの容量が足りなくなることもあります。慌てることが無いように、dfコマンドやduコマンドを使ってハードディスクの容量をこまめに確認しましょう。ディスクの使用状...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。Perlのアップデートを行いました。現在の最新安定版5.24.0です。しかし、バージョンアップは慎重に行ったほうが良さそうです。それまで動いていたPerl製プログラムが動かなくなりました。Perlのバージョ...

Perlメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスでのAWSの利用も良い点がたくさんあります。今回AWSを利用していたところ、S3からインスタンスへデータ転送したところ、データは正しいのにMD5でWarningが出ることに気がつきま...

AWSメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。バイオインフォマティクスでは、大きなデータを扱う機会が良くあります。大きなデータや大量のデータをネット経由でダウンロードする際は、きちんとダウンロードできたか心配になるときがあります。このようなとき、簡単に...

linuxに関することメインコンテンツ

解析プログラムは長い時間を必要とするものもあります。プログラムの実行や管理方法を理解して、作業効率を効率的に行いましょう。バックグラウンド実行とフォアグラウンド実行バックグラウンド実行をうまく活用しようプログラムの実行には、起動後その場で終...

linuxに関することメインコンテンツ

初歩から資格取得まで（資料無料送付）バイオインフォ道場、くまぞうです。whichコマンドはプログラムのパスを表示します。whereisコマンドは、プログラムに関連したその他のファイルのパスも表示します。Linuxを使っていると、コマンドのパ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。C言語で配列を使ってみましょう。配列は、複数の値を管理する入れ物のようなものです。他の言語でもよく使う機能ですが、C言語の場合は同じ型のデータを管理します。また、サイズや初期化に注意する必要があります。スポ...

C言語メインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。while文は、条件を満たす間ずっとコードブロックを繰り返す場合に使います。例えば、「ファイルの末尾までチェックする」とか、「ある条件を満たすまで」というような回数不定の条件などで用いると便利です。スポンサ...

C言語メインコンテンツ

samtoolsなどで予測されたVariantに、snpEffを使ってアノテーションをつけてみます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談snpEffsnpEffとは、予測されたVariantにアノテーションやその影響...

SnpEffメインコンテンツ解析ツール