![バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]](https://bioinfo-dojo.net/wp-content/uploads/2016/03/some_object_luca-bravo-alS7ewQ41M8-unsplash.jpg)
samtools samtools 使い方 mpileup ( calling SNPs ) & annotation
samtoolsを使ったVariant callingについてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談解析作業の流れマッピングCalling SNPsフィルタリングアノテーション付与主なツールCalling ...
samtools FASTX-Toolkit FASTX_Toolkitのインストール
バイオインフォ道場、くまぞうです。FASTX_Toolkitインストールに挑戦です。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});FASTX_ToolkitFASTX_T...
FASTX-Toolkit 塩基配列の表示幅を調整する – Fastaファイルの整形 –
Fastaファイルの整形についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談フォーマットを整えるFASTX_Toolkitは、Fastq・Fasta形式のファイルについて前処理をしたり、ファイル整形をするのに便利...
メインコンテンツ Fastq Fasta ファイル形式
Fastq・Fastaファイルともに、良く使うファイル形式です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談ファイル形式Fastq形式1本の配列は4行構成で記述されます。１行目：「@」で始まる配列のID。以降に、説明を記述す...
FASTX-Toolkit fastx_toolkit 使い方 FastqからFastaへ変換
Fastq・Fastaファイルともに、バイオインフォマティクスで良く使うファイル形式です。FastqからFastaへ変換についてまとめます。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談FastqからFasta形式への変換よく...
Ruby Ruby hash ハッシュの基本と応用 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。ハッシュは、複数の値を管理する入れ物のようなものです。データをキーとバリューで管理します。参照や編集・追加・削除などを行うことができます。繰り返し処理で発生したデータをキー（名前やIDなど）で１つずつ保存し...
linuxに関すること boot領域不足という警告が出たときの対応 – Ubuntu –
バイオインフォ道場、くまぞうです。解析用PCとして、Linux（今回はUbuntu）を長い間使い続けていたりすると、「boot領域不足」という警告が出ることがあります。自動アップデートができなくなったりして困るので対処しましょう。今回は、必...
linuxに関すること PPAを登録してJava1.8へ更新
バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、java Runtimeを1.8にアップグレードしたいと思います。スポンサーリンク(adsbygoogle = window.adsbygoogle || []).push({});Javaのバージ...
Ruby Ruby 配列 基本と応用 スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。配列は、複数の値を管理する入れ物のようなものです。データを順番に管理します。参照や編集・追加・削除などを行うことができます。繰り返し処理で発生したデータを順番に１つずつ保存したり、必要になったときに対応する...
Ruby Ruby ファイル処理 読込み・書込み スクリプトの書き方
バイオインフォ道場、くまぞうです。ファイル操作ができるようになると、処理の幅が広がります。データの整形や集計などを簡単に済ませることができるようになります。基本は、「ファイルを開いて、１行ずつ処理をする。最後に閉じる」です。sedやawkを...