インストール

FASTX-Toolkit

FASTX-Toolkit 使い方 インストール

FASTX-Toolkitは、次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。 トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。 インストール方法について手順を整理し...
htseq-count

HTSeq htseq-count 使い方 インストール v0.7.2

htseq-countは、RNA-Seq解析などでリードをゲノムにマッピングしたとき、どこにどのくらい張り付いたかをカウントするプログラムです。 HTSeqのインストールには、いくつか事前にインストールしておくべきものがあります。 ...
Trinity

Trinity v2.2.0, v2.4.0 インストール

Trinity v2.2.0、v2.4.0のインストールに挑戦です。 ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール ...
blast

blast 使い方 インストール blast+ v2.3.0

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 とにかく早く問題解決したい人はこちら>>直接、データ解析相談 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 場所 # c...
linuxに関すること

sqlite3 v3.11.0 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回は、SQLiteのインストールに挑戦です。SQLiteのサイトからソースコードをダウンロードして、ソースコンパイルでインストールします。 ソースコードが2種類準備されています。config...
linuxに関すること

Screen v4.01 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回は、Screenのインストールに挑戦です。 Screenは仮想端末マネージャです。コンソール内に複数のWindowを作ることができます。コンソールの分割や切り替えなどもできて大変便利なツー...
R言語

R v3.2.3 – インストール

バイオインフォ道場、くまぞうです。 今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル(make)でインストールしてみます。
R言語

R v3.0.2 – インストール

こんにちは、バイオインフォ道場 biくまぞうです。 今回はRのインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。 環境 Ubuntu Server 14.04 LTS(AWS) インストール パッケージ管理 # ...
Cufflinks

Cufflinks v2.2.1 – インストール

Cufflinks v2.2.1をインストールします。プリコンパイル版です。 インストール マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。 場所 # cd /usr/local DL # wget \ cuffli...
FastQC

FastQC – インストール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すな...
タイトルとURLをコピーしました