インストール

FASTX-Toolkit 使い方インストール

FASTX-Toolkitは、次世代シーケンサのFASTA・FASTQの前処理に関連するツールを集めたものです。トリミングやクリッピング、クオリティ処理に関するツールが提供されています。インストール方法について手順を整理します。とにかく早く...

FASTX-Toolkitメインコンテンツ解析ツール

htseq-countは、RNA-Seq解析などでリードをゲノムにマッピングしたとき、どこにどのくらい張り付いたかをカウントするプログラムです。HTSeqのインストールには、いくつか事前にインストールしておくべきものがあります。とにかく早く...

htseq-countメインコンテンツ解析ツール

Trinity v2.2.0、v2.4.0のインストールに挑戦です。ソースダウンロードして、make作業を行なってインストールします。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールmake関連場所cd /usr/l...

Trinityメインコンテンツ解析ツール

今回はblast+のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。とにかく早く問題解決したい人はこちら＞＞直接、データ解析相談インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localダウンロード...

blastメインコンテンツ解析ツール

バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、SQLiteのインストールに挑戦です。SQLiteのサイトからソースコードをダウンロードして、ソースコンパイルでインストールします。ソースコードが２種類準備されています。configure スクリプ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。今回は、Screenのインストールに挑戦です。Screenは仮想端末マネージャです。コンソール内に複数のWindowを作ることができます。コンソールの分割や切り替えなどもできて大変便利なツールです。特にバイ...

linuxに関することメインコンテンツ

バイオインフォ道場、くまぞうです。今回はR v2.2.6のインストールに挑戦です。Rは、バージョンを指定してインストールしたい場合があるので、ソースコンパイル（make）でインストールしてみます。

R言語メインコンテンツ

こんにちは、バイオインフォ道場 biくまぞうです。今回はRのインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。環境Ubuntu Server 14.04 LTS（AWS）インストールパッケージ管理# sudo apt-get install r...

R言語メインコンテンツ

Cufflinks v2.2.1をインストールします。プリコンパイル版です。インストールマニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。場所# cd /usr/localDL# wget \cufflinks-2.2.1.Linux...

Cufflinksメインコンテンツ解析ツール

FastQCは、NGSのリードの品質をチェックするツールです。解析の直前で使用し、リードの品質に問題がなければ解析に進みます。もし、品質に問題があるようであれば、低品質の情報をトリミングツールで除去したり、対象となるデータを解析から外すなど...

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