awkで簡単なフィールドデータの取り出しを行います。awk は入力された行について、空白やタブで区切られたデータをフィールドと解釈します。$1・$2…を指定することで、各行のフィールドを取り出すことができます。尚、$0は入力行全体です。sed と同じように「-f」でスクリプトファイルを指定することができます。

awk の書き方
awk '命令' 対象となるファイル
awk の使い方
簡単な例で「awk」のフィールドデータ取り出しを使ってみましょう。
- ファイルの第1フィールドを取り出し
$ cat awk_data.txt >a1 b1 c1 d1,R1 AAAAAAAAAAAAAAA >a2 b2 c2 d2,R2 AAAAAAAAAAAAAAA
awk '{print $1}' awk_data.txt>a1 AAAAAAAAAAAAAAA >a2 AAAAAAAAAAAAAAA
- ファイルの「>」行だけを取り出し
awk '/>/' awk_data.txt
>a1 b1 c1 d1,R1 >a2 b2 c2 d2,R2
- 「>」行をフィルタリング、第1・第3フィールドを取り出し
awk '/>/ {print $1,$3}' awk_data.txt>a1 c1 >a2 c2
- 「>」行をフィルタリング、区切り文字を「,」カンマに変更
awk -F, '/>/ {print $1}' awk_data.txt>a1 b1 c1 d1 >a2 b2 c2 d2
- 「>」行をフィルタリング、第1・第3フィールドを取り出し(awk 命令をファイルで提供)
$cat awk1 />/ {print $1, $3}awk -f awk1 awk_data.txt
>a1 c1 >a2 c2
ポイント
- スペースの要・不要を区別する。特に、区切り文字の変更のとき不要なスペースを入れない
- 命令はシングルクォーテーションで囲む
- 命令内の処理は{}で囲む
- 行の絞りこみなどの条件で、正規表現を使う場合//で囲む

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