hisat2 使い方 | index 作成

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。

HISAT2 pre-built index

以下の生物種については、HISAT2 Download からindexファイルをダウンロードして利用可能です。

HISAT2 download : http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/

  • H. sapiens
  • M. musculus
  • R. norvegicus
  • D. melanogaster
  • C. elegans
  • S. cerevisiae

HISAT2 index 生成

HISAT2のサイトにindexファイルがない場合は、hisat2-buildで生成します。

hisat2-build genome.fa genome

hisat2-buildコマンドが完了すると、8個のインデックスファイルが生成されます。

$ ls
genome.1.ht2
genome.2.ht2
genome.3.ht2
genome.4.ht2
genome.5.ht2
genome.6.ht2
genome.7.ht2
genome.8.ht2

生成されたindexファイルを参照して、マッピング処理を行います。

$ hisat2 -x genome -1 read_1.fastq.gz read_2.fastq.gz -S read.sam