hisat2 使い方 | index 作成

HISAT2のindexファイルを、hisat2-buildコマンドで自ら生成します。

HISAT2 pre-built index

以下の生物種については、HISAT2 Download からindexファイルをダウンロードして利用可能です。

HISAT2 download : http://daehwankimlab.github.io/hisat2/download/

  • H. sapiens
  • M. musculus
  • R. norvegicus
  • D. melanogaster
  • C. elegans
  • S. cerevisiae

HISAT2 index 生成

HISAT2のサイトにindexファイルがない場合は、hisat2-buildで生成します。

hisat2-build genome.fa genome

hisat2-buildコマンドが完了すると、8個のインデックスファイルが生成されます。

$ ls
genome.1.ht2
genome.2.ht2
genome.3.ht2
genome.4.ht2
genome.5.ht2
genome.6.ht2
genome.7.ht2
genome.8.ht2

生成されたindexファイルを参照して、マッピング処理を行います。

$ hisat2 -x genome -1 read_1.fastq.gz read_2.fastq.gz -S read.sam



カテゴリー

今週よく読まれている記事

  1. 学会・会議で英語が絶望的にできなくて困るケース | オンライン開催で「英語力のなさ」を痛感した場合の対処法

    学会・会議で英語ができなくてに困るケース学会やイベント・会議などが、オンラインで開催される…
  2. r tidyverse 使い方 | 列 filter 絞り込み select関数 – dplyrパッケージ

    tidyverseで1つのデータフレームの列の絞り込みは、dplyrパッケージのselect関数を…
  3. プログラミングで疲れた脳をリフレッシュ 〜 鬼滅の刃「感動」と「やる気アップ」でストレス発散!

    ストレス発散は鬼滅で。「50%OFF」で読む!脳のパフォーマンスを上げるには、適度な休憩と…
  4. AWS ディスク容量不足 新しいボリュームを追加する

    バイオインフォマティクスでは大きなファイルを扱うことがあるので、ディスク不足に陥ることがあります。…
  5. 「知っている」と「知らない」とでは、もしものとき、大違いになる – コロナうつ対策

    コロナうつなどという言葉を聞くようになりましたが、派遣切り、解雇、リストラは、これから本格化します…

人気記事

  1. Excel, 統計

    z-score 計算方法 エクセル(Excel) 編
    統計処理で、大きく変化しているなどの判断基準にも使われる値…
  2. IGV, 解析ツール

    IGV 使い方 インストール〜便利な使い方まで | リファレンス・マッピングデータ・アノテーションを読み込んで表示しよう
    IGV(Integrative Genomics View…
  3. R言語

    R subset関数 データフレームやmatrixからの条件指定による行・列の抽出
    R の subset関数は、データフレームやマトリックスか…

おすすめ記事

  1. awk, シェルスクリプト

    bash 部分文字列・置換・長さ・連結・分割の文字列処理
    bashのよく使う文字列処理、部分文字列・置換・連結・長さ…
  2. R言語, グラフ

    R 使い方 軸・ラベルの調整(向き・サイズ・色など) グラフの描き方
    Rによるplot(グラフ)の描画は、手軽で大変便利です。た…
  3. シェルスクリプト

    シェルスクリプト | ファイル存在チェック・空ファイルチェック
    bashでスクリプトを作成するときに、よく使うのがファイル…