バイオインフォ 道場 [bioinfo-Dojo]

Zstandard 可逆圧縮アルゴリズムを使ってみる

バイオインフォマティクスの解析では、とても大きなファイルを取り扱うことがあります。解析後もデータを安全に長期間保存しておく必要があって、データ保存に対する悩みは尽きません。より速く、より高い圧縮率でファイルを小さく圧縮できれば、それだけで取...

linuxに関することメインコンテンツ

bamファイルに対してfastqcを実行したら、メモリが足りないというエラーが発生しました。実行環境は十分にメモリーを積んでいたので、fastqc実行時のjavaのメモリーオプションを強制的に書き換えて実行したら、正常終了しました。とにかく...

FastQCメインコンテンツ解析ツール

無償版 docker ceをインストールして、hello worldの動作確認まで行います。Docker とは？「コンテナ」型の仮想化技術で、アプリケーションやサーバーを動かす技術です。Dockerでは、サーバーの設定や状態をソフトウェアの...

linuxに関することメインコンテンツ

bowtieを--bestモードで実行したところ、メモリーに関するワーニング（警告）が大量に表示されました。エラーではないので処理は進んでいくのですが、「マッピング結果に影響を与えないか？」という点がとても気になりました。そこで、--chu...

bowtieメインコンテンツ解析ツール

Ubuntuを使用する場合、デフォルトのオフィススイートであるLibreOfficeをよく使っていますが、「動作が軽くて、Microsoft Office文書と互換性が高い」と言われている、FreeOfficeを使ってみました。Office...

Excelメインコンテンツ

シェルスクリプトを書いているとき、計算式が使えると便利なことがあります。ファイルの残りの行数を表示したいな行毎に項目を足して合計を表示したいな入力したデータを計算して処理に使いたいないろいろな状況があると思いますが、bashでも算術計算は可...

シェルスクリプトメインコンテンツ

バイオインフォマティクスの作業でLinuxを使う場合、コマンドラインツールを使ったり・スクリプトを作ったりして、コンソールでの操作が多くなると思います。ネットの検索はブラウザーでＧＵＩを使うのも良いですが、いちいちアプリケーションを切り替え...

linuxに関することその他

英語は、論文を読んだり・バイオインフォマティクスで使うツールのドキュメントを読むときには、必須のスキルです。しかし、専門的な表現が出てくることも多いので、翻訳が必要になることもあります。いちいちネットや辞書で調べていると作業効率が下がるので...

linuxに関することその他

バイオインフォマティクスでは大きなデータを使用するので、ひと目で大きなデータがわかると重宝します。そのようなファイルは、シェルで検索することもできますが、ディスク使用量アナライザーを使えばＧＵＩで視覚的に確認することができます。ディスク使用...

linuxに関することメインコンテンツ

「データは削除したから大丈夫！」と思っていても、廃棄したＰＣやハードディスクから「消したはずの重要なデータ」が読み取られることがあります。データ削除とデータ復旧ソフト「データが外部に漏れてしまった！」ということがないように、ＰＣの破棄・ハー...

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