xargs 引数を上手に使う | find と xargs でファイルのリネームやコピーをひと工夫

bioinformaticsでは、たくさんのファイルを使うことが多いので、ファイル処理は効率的に行いたいですね。このようなときfind コマンドや xargs コマンドが役に立ちます。

例えば、fastqファイルの拡張子を、fq.gz から fastq.gzへまとめて変更なども、簡単にできます。

findコマンドでファイルを見つけるだけじゃなくて、検索結果をコピーやリネームに利用できるといいな。

findの結果を、xargs にパイプでつなげば、検索結果を取り出してコマンドを実行できるよ。

findで見つけたファイルを、別のフォルダにリネームしてコピーするにはどうしたらいい?

xargs に bashコマンドを記述して、スクリプト風に処理をさせると便利だよ。

find の結果を xargs で利用する

find の結果1つずつを %% として、echo(以降のコマンド)に渡してみます。

$ find . -name "*.txt" | xargs -I %% echo %% "is found"

実際に実行してみると、findの結果を1つずつ取り出して、コマンドを実行できることがわかります。

$ ll *.txt
 ./aaa.txt
 ./bbb.txt

$ find . -name "*.txt" | xargs -I %% echo %% "is found"
 ./aaa.txt is found
 ./bbb.txt is found

xargs でスクリプト風にコマンドを実行する

find の結果1つずつを %% として、スクリプト風の処理(bash -c ‘…’)に渡してみます。

find . -name "*.fq.gz" | xargs -I %% bash -c 'f=basename %%; echo $f "--->" ${f/.fq.gz/.fastq.gz}' %%

実際に実行してみると、findの結果を1つずつ取り出して、スクリプトで使うような文字列処理が実行できることがわかります。

$ ll *.fq.gz
 ./aaa.fq.gz
 ./bbb.fq.gz

$ find . -name "*.txt" | xargs -I %% bash -c 'f=basename %%; echo $f "--->" ${f/.fq.gz/.fastq.gz}' %%
aaa.fq.gz ---> aaa.fastq.gz
bbb.fq.gz ---> bbb.fastq.gz

リネームするには、echoコマンドをmvコマンドなどに変更して使います。

参考図書など

こちらの本、わかりやすいと人気みたいですね。

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