tophat2 v2.1.0 – インストール

こんにちは、くまぞうです。

今回は、Tophat2 v2.1.0 のインストールに挑戦です。プリコンパイル版です。

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準備

Tophat2が内部で利用する解析ツールを事前にインストールします。

インストール

マニュアルに従い、プリコンパイル版をインストールします。(コマンド入力は管理者権限で行います)

場所
# cd /usr/local
DL
# wget http://ccb.jhu.edu/software/tophat/downloads/tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
展開
# tar -vzxf tophat-2.1.0.Linux_x86_64.tar.gz
Link
# ln -s /usr/local/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/tophat  /usr/local/bin/
# ln -s /usr/local/tophat-2.1.0.Linux_x86_64/tophat2 /usr/local/bin/

インストール確認

TopHat2を呼び出して、使い方やオプションが表示されればインストール完了です。

$ tophat2 -h
エラーが発生する場合
  • エラー表示:/usr/bin/env: ‘python’: No such file or directory
    pythonをインストールします。

    sudo apt-get install python-minimal
  • インストール後に、”The program ‘application’ is currently not installed.”と表示される。
    パスが通っていません。リンクやパスを確認しましょう。
  • インストール時に、エラーが発生していたが無視した。
    特に「.」が見落とされがちです。linuxでは「.」にも意味があるので注意しましょう。エラーが発生したところから、やり直して下さい。
参考情報

tophat2 home
tophat2 manual

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