Trinity Docker 面倒な「install作業なし」で一発起動!

Trinityを、一番「簡単に動かす方法」だと思います。

Trinity in Docker 使い方

アセンブルツール Trinity(de novo transcriptome assembly) は、dockerを使えば、面倒な手順なしに動かすことができます。

Trinity in Docker

手順は、以下の2つだけ。

% docker pull trinityrnaseq/trinityrnaseq

2.パラメータ(リード情報・メモリ・CPU、フォルダなどは書き換え)を指定して、実行。

docker run --rm -v`pwd`:`pwd` trinityrnaseq/trinityrnaseq Trinity \
      --seqType fq \
      --left `pwd`/reads_1.fq.gz  \ # リード
      --right `pwd`/reads_2.fq.gz \ # リード
      --max_memory 1G --CPU 4 --output `pwd`/trinity_out_dir

Trinityを動かすのに必要な、いくつものソフトウェアを自らインストールして環境構築するより、はるかに楽でした。おすすめです!